Atomic Force Microscopy-Infrared Spectroscopy (AFM-IR) ger en kraftfull plattform för bakteriestudier, vilket gör det möjligt att uppnå nanoskalaupplösning. Båda, kartläggning av subcellulära förändringar (t.ex. vid celldelning) samt jämförande studier av kemisk sammansättning (t.ex. som härrör från läkemedelsresistens) kan utföras på en enda cellnivå i bakterier.