Kromatin immunutfelling forente med neste-generasjon sekvensering (flis-SEQ) er en metoden pleide opprette vekselvirkningen imellom transkripsjon faktorene og det genomisk sekvenser de administrere. Denne protokollen skisserer teknikker for å utføre ChIP-SEQ med bakteriell biofilm, ved hjelp av Salmonella enterica serovar tyfimurium bakteriell biofilm som et eksempel.