Chromatin-immunoprecipitatie in combinatie met de volgende generatie sequencing (ChIP-SEQ) is een methode die wordt gebruikt om interacties tussen transcriptiefactoren en de genomische sequenties die ze beheersen vast te stellen. Dit protocol schetst technieken voor het uitvoeren van chip-SEQ met bacteriële biofilms, met behulp van salmonella heliobacter Serovar typhimurium bacteriële biofilm als een voorbeeld.