Vi presenterar ett protokoll för att isolera nervceller, makrofager och mikroglia från larval zebrafiskar hjärnor under fysiologiska och patologiska förhållanden. Vid isolering utvinns RNA från dessa celler att analysera deras gen uttryck profil. Detta protokoll möjliggör insamling av hög kvalitet RNA för att utföra efterföljande analys som qPCR och transkriptomik.