Summary

Синтез рН зависимых пиразол, имидазол, и изойндолон дипиринон флюорофоры с использованием Claisen-Шмидт конденсата подход

Published: June 10, 2021
doi:

Summary

Конденсатная реакция Клейзена-Шмидта является важной методологией для генерации конъюгированных велосипедных ароматических соединений, спрягаемых на метане. Благодаря использованию базового варианта реакции алдола, ряд флуоресцентных и / или биологически соответствующих молекул могут быть доступны через в целом недорогой и оперативно простой синтетический подход.

Abstract

Конъюгированные конъюгированные велосипедные ароматические соединения являются общими составляющими целого ряда биологически релевантных молекул, таких как порфирины, дипыриноны и фармацевтические препараты. Кроме того, ограниченное вращение этих систем часто приводит к высокой до умеренно флуоресцентных систем, как наблюдается в 3H,5H-dipyrrolo’1,2-c:2′,1′-f’pyrimidin-3-ones, xanthoglows, pyrroloindolizinedione аналоги, BODIPY аналоги, и фенольные и imidazolinone кольцевых систем Зеленого флуоресцентного белка (GFP). Эта рукопись описывает недорогой и оперативно простой метод выполнения конденсата Клейзен-Шмидт для создания серии флуоресцентных рН зависимых пиразол / имидазол / изойндолон дипиринон аналогов. Хотя методология иллюстрирует синтез дипиринона аналогов, она может быть переведена для производства широкого спектра конъюгированных велосипедистических ароматических соединений. Используемая в этом методе конденсатная реакция Клейзена-Шмидта ограничена нуклеофилами и электрофилами, которые обнуляются в основных условиях (нуклеофиловая составляющая) и неоленоизуемыми альдегидами (электрофилическим компонентом). Кроме того, нуклеофильные и электрофильные реакционы должны содержать функциональные группы, которые не будут непреднамеренно реагировать с гидроксидом. Несмотря на эти ограничения, эта методология предлагает доступ к совершенно новым системам, которые могут быть использованы в качестве биологических или молекулярных зондов.

Introduction

Ряд спряженных велосипедных систем, в которых два ароматических кольца соединены монометином мостом, проходят изомеризацию через вращение связи, когда возбуждаются фотоном(рисунок 1A)1,2,3,4,5. Возбужденный изомер, как правило, расслабиться до состояния земли через нелучающих процессов распада6. Если энергетический барьер для вращения связи увеличен до достаточно большой степени, можно ограничить или предотвратить фотоизомеризацию. Вместо этого, фотонический возбуждение приводит к возбужденным синглетным состоянием, которое часто расслабляется через флуоресценцию, а не нелучающий распад(рисунок 1B). Ограничение фотоизомеризации чаще всего достигается механически ограничивающим вращением связей путем привязывания двух ароматических кольцевых систем ковалентными связями, тем самым запирая молекулу в определенном изомеристом состоянии. Этот подход был использован для создания нескольких различных флуоресцентных трициклических дипирринон и дипиролеметан аналоги, такие как: 3H,5H-dipyrrolo-1,2-c:2′,1′-f’pyrimidin-3-ones (1), xanthoglows (2)6,7, пирролоиндолизиндион аналоги (3)8, и BODIPYаналоги 9 (4, Рисунок 2), в котором пирролидин и / или пиррол кольцо системы привязаны с метиленом, карбонилом, или бор дифторо связующихся. Как правило, 14 обладают ΦF > 0,7 предполагая, что эти системы очень эффективны, как фторфор единиц.

Также можно ограничить фотоизомеризацию с помощью других средств, помимо ковалентной связи систем кольца. Например, кольца фенольных и имидазолинонов(рисунок 2)зеленого флуоресцентного белка (GFP) ограничиваются вращением белковой среды; ограничительная настройка увеличивает квантовую доходность на три порядка величины по сравнению с той же единицей хромофора в свободном растворе10. Считается, что белок эшафот GFP обеспечивает вращательное барьер через стерические и электростатические эффекты11. Недавно наша группа в сотрудничестве с группой Odoh в Университете Невады, Рено обнаружил другую систему флюорофора, которая несет структурное сходство с дипиринон основе ксантоглоу систем (Рисунок 2)12. Эти аналоги дипиринона, однако, отличаются от системы ксантогов в том, что внутримолекулярные водородные связи, а не ковалентные связи, сдерживают фотоизомеризацию и приводят к флуоресцентной велосипедной системе. Кроме того, пиразол, имидазол и изойндолон дипиринон аналоги могут водородной связи в протонированных и депротонированных состояний; депротонация приводит к смещению красных волн возбуждения и выбросов, что, вероятно, объясняется изменением электронного характера системы. Хотя водородные связи, как сообщается, увеличение квантовой урожайности, хотяограниченное вращение 13,14,15,16, мы не знаем о какой-либо другой флюорофорной системы, в которой ограниченная изомеризация служит режимом флуоресценции как в протонированных и депротонированных состояний молекулы. Таким образом, эти рН зависимых дипиринон фторфоры уникальны в этом отношении.

В этом видео мы сосредоточимся на синтезе и химической характеристике аналоговой серии флуоресцентных дипиринонов. В частности, особое внимание уделяется методологии конденсации Клейзен-Шмидт, которая использовалась для построения полной серии флуоресцентных аналогов. Эта реакция опирается на генерацию базового опосредованного винилогоя энолета, который атакует группу альдегидов, чтобы произвести алкоголь, который впоследствии подвергается ликвидации. Для аналоговой серии дипиринона пирролинон/изойндолон преобразуется в энолат для облегчения нападения на группу альдегидов, прикрепленную к пиразолу или имидазоловому кольцу(рисунок 3); после ликвидации образуется полностью конъюгированный велосипедная система, соединенная метан-мостом. Примечательно, что вся серия аналогов дипиринона может быть построена из легкодоступных коммерческих материалов и может быть произведена в одной последовательности реакции одного горшка, как правило, в умеренных и высоких урожаев (доходность варьируется от примерно 50-95%). Поскольку большинство аналогов дипиринона имеют высококристаллическую природу, для получения аналитически чистых образцов требуется очень мало очистки вне стандартных условий работы. Следовательно, эта система флюорофора требует лишь нескольких шагов для доступа из легкодоступных коммерческих материалов и может быть синтезирована, очищена и подготовлена для аналитических или биологических исследований в относительно короткие сроки.

Protocol

1. Общая процедура синтеза дипыринона Аналоги 16-25 Растворите пирролинон/изойндолон (1,00 ммоль) и соответствующий пиразол/имидазол альдегид (1,00 ммоль) в 5,0 мл этанола в колбе круглого дна. Добавьте в колбу в одну порцию aqueous KOH (24,0 ммоль, 10 м, 2,40 мл). Перемешать и рефлюкс смеси д?…

Representative Results

Конденсатная реакция Клейзена-Шмидта предоставила доступ к аналогам дипиринона(16-25, рисунок 4) с использованием процедурыодного горшка, описанной в разделе протокола (см. шаг 1). Аналоги 16-25 были все генерируется конденсации пирро…

Discussion

Подход к конденсации Клейзен-Шмидт обеспечивает довольно надежное средство генерации пиразола, имидазола и изойндолона дипиринона флюорофоров с помощью относительно упрощенного в эксплуатации протокола. Хотя синтез флуоресцентных аналогов дипиринона был в центре внимания этого ис?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

З.Р.В. и Н.B. благодарят NIH (2P20 GM103440-14A1) за щедрое финансирование, а также Jungjae Koh и Университет Невады, Лас-Вегас за помощь в приобретении 1H и 13C NMR. Кроме того, мы хотели бы поблагодарить студентов НСК визуальных средств массовой информации, Арнольд Placencia-Флорес, Обри Джейкобс, и Алистер Купер за их помощь в съемках и анимации процессов в кинематографических части этой рукописи.

Materials

3-ethyl-4-methyl-3-pyrrolin-2-one Combi-Blocks  [766-36-9] Yellow solid reagent
isoindolin-1-one ArkPharm  [480-91-1] Off-white solid reagent
5-bromoisoindolin-1-one Combi-Blocks  [552330-86-6] Pink solid reagent
2-formylimidazole Combi-Blocks  [10111-08-7 ] Off-white solid reagent
Imidazole-4-carbaldehyde ArkPharm  [3034-50-2] Solid reagent
1-H-pyrazole-4-carbaldehyde Oakwood Chemicals  [35344-95-7] Solid reagent
1-H-pyrazole-5-carbaldehyde Matrix Scientific  [3920-50-1] Solid reagent
Solid KOH Pellets BeanTown Chemicals [1310-58-3] White solid pellets
Siliflash Silica Gel Scilicycle R12030B Fine white powder
Phosphate Buffered Saline (PBS) (x10) Growcells MRGF-6235 Colorless translucent liquid
Beckman Coulter DU-800 UV/Vis Spectrophotometer and Software Beckman Coulter N/A Spectroscopy Instrument and Software
Fluoromax-4 Spectrofluorometer Horiba Scientific N/A Spectroscopy Instrument
FluorEssence Fluoremetry Software V3.5 Horiba Scientific N/A Spectroscopy Software
Finnpipette II Micropipette (sizes: 100-1,000, 20-200, and 0.5-10 µL) Fischerbrand N/A Equipment
Wilmad-LabGlass Rotary Evaporator (Model: WG-EV311-V-PLUS) SP Scienceware N/A Equipment
DuoSeal Vacuum Pump (Model Number: 1405) Welch N/A Equipment
GraphPad Prism 4 GraphPad N/A Data Analysis Software
SympHony pH Meter (Model: Sb70P) VWR N/A Equipment

References

  1. Abbandonato, G., et al. Cis-trans photoisomerization properties of GFP chromophore analogs. European Biophysics Journal. 40 (11), 1205-1214 (2011).
  2. Funakoshi, H., et al. Spectroscopic studies on merocyanine photoisomers. IV. Catalytic isomerization of photoisomers of merocyanine derivatives in protic solvents. Nippon Kagaku Kaishi. (9), 1516-1522 (1989).
  3. Puzicha, G., Shrout, D. P., Lightner, D. A. Synthesis and properties of homomologated and contracted dipyrrinone analogs of xanthobilirubic acid. Journal of Heterocyclic Chemistry. 27 (7), 2117-2123 (1990).
  4. Bonnett, R., Hamzetash, D., Asuncion Valles, M. Propentdyopents [5-(2-oxo-2H-pyrrol-5-ylmethylene)pyrrol-2(5H)-ones] and related compounds. Part 2. The Z E photoisomerization of pyrromethenone systems. Journal of the Chemical Society, Perkins Transactions. 1 (6), 1383-1388 (1987).
  5. Tikhomirova, K., Anisimov, A., Khoroshutin, A. Biscyclohexane-Annulated Diethyl Dipyrrindicarboxylates: Observation of a Dipyrrin Form with Absent Visible Absorption. European Journal of Organic Chemistry. 2012 (11), 2201-2207 (2012).
  6. Brower, J. O., Lightner, D. A. Synthesis and spectroscopic properties of a new class of strongly fluorescent dipyrrinones. Journal of Organic Chemistry. 67 (8), 2713-2716 (2002).
  7. Woydziak, Z. R., Boiadjiev, S. E., Norona, W. S., McDonagh, A. F., Lightner, D. A. Synthesis and Hepatic Transport of Strongly Fluorescent Cholephilic Dipyrrinones. Journal of Organic Chemistry. 70 (21), 8417-8423 (2005).
  8. Jarvis, T., et al. Pyrrole β-amides: Synthesis and characterization of a dipyrrinone carboxylic acid and an N-Confused fluorescent dipyrrinone. Tetrahedron. 74 (14), 1698-1704 (2018).
  9. Bodio, E., Denat, F., Goze, C. BODIPYS and aza-BODIPY derivatives as promising fluorophores for in vivo molecular imaging and theranostic applications. Journal of Porphyrins and Phthalocyanines. 23, 1159-1183 (2019).
  10. Acharya, A., et al. Photoinduced Chemistry in Fluorescent Proteins: Curse or Blessing. Chemical Reviews. 117 (2), 758-795 (2017).
  11. Romei, M. G., Lin, C. -. Y., Mathews, I. I., Boxer, S. G. Electrostatic control of photoisomerization pathways in proteins. Science. 367 (6473), 76-79 (2020).
  12. Benson, N., Suleiman, O., Odoh, S. O., Woydziak, Z. Ryrazole, Imidazole, and Isoindolone Dipyrrinone Analogues: pH-Dependent Fluorophores That Red-Shift Emission Frequencies in a Basic Solution. Journal of Organic Chemistry. 84 (18), 11856-11862 (2019).
  13. Xie, P., Gao, G., Liu, J., Jin, Q., Yang, G. A New Turn on Fluorescent Probe for Selective Detection of Cysteine/Homocysteine. Journal of Fluorescence. 25 (5), 1315-1321 (2015).
  14. Alty, I. G., et al. Intramolecular Hydrogen-Bonding Effects on the Fluorescence of PRODAN Derivatives. Journal of Physical Chemistry A. 120 (20), 3518-3523 (2016).
  15. Yang, Y., Li, D., Li, C., Liu, Y. F., Jiang, K. Hydrogen bond strengthening induces fluorescence quenching of PRODAN derivative by turning on twisted intramolecular charge transfer. Spectrochimica Acta, Part A. 187, 68-74 (2017).
  16. Zhang, L., Liu, J., Gao, J., Zhang, F., Ding, L. High solid fluorescence of a pyrazoline derivative through hydrogen bonding. Molecules. 22 (8), 1 (2017).
  17. Williams, A. T. R., Winfield, S. A., Miller, J. N. Relative fluorescence quantum yields using a computer-controlled luminescence spectrometer. Analyst. 108 (1290), 1067-1071 (1983).
  18. Eaton, D. F. Reference materials for fluorescence measurement. Pure and Applied Chemistry. 60 (7), 1107-1114 (1988).
  19. Dawson, W. R., Windsor, M. W. Fluorescence yields of aromatic compounds. Journal of Physical Chemistry. 72 (9), 3251-3260 (1968).
  20. Zhang, X. -. F., Zhang, J., Lu, X. The Fluorescence Properties of Three Rhodamine Dye Analogues: Acridine Red, Pyronin Y and Pyronin B. Journal of Fluorescence. 25 (4), 1151-1158 (2015).
  21. Zanker, V., Rammensee, H., Haibach, T. Measurements of the relative quantum yields of the fluorescence of acridine and fluorescein dyes. Zeitschrift für Angewandte Physik. 10, 357-361 (1958).
  22. Mujumdar, R. B., Ernst, L. A., Mujumdar, S. R., Lewis, C. J., Waggoner, A. S. Cyanine dye labeling reagents: Sulfoindocyanine succinimidyl esters. Bioconjugate Chemistry. 4 (2), 105-111 (1993).
  23. Battersby, A. R., Dutton, C. J., Fookes, C. J. R. Synthetic studies relevant to biosynthetic research on vitamin B12. Part 7. Synthesis of (±)-bonellin dimethyl ester. Journal of the Chemical Society, Perkin Transactions. 1 (6), 1569-1576 (1988).
  24. Pfeiffer, W. P., Lightner, D. A. (m.n)-Homorubins: syntheses and structures. Monatschfte für Chemie. 145 (11), 1777-1801 (2014).
  25. Huggins, M. T., Musto, C., Munro, L., Catalano, V. J. Molecular recognition studies with a simple dipyrrinone. Tetrahedron. 63 (52), 12994-12999 (2007).
  26. Groselj, U., et al. Synthesis of Spiro-δ2-Pyrrolin-4-One Pseudo Enantiomers via an Organocatalyzed Sulfa-Michael/Aldol Domino Sequence. Advanced Synthesis & Catalyst. 361 (22), 5118-5126 (2019).
  27. El-Shwiniy, W. H., Shehab, W. S., Mohamed, S. F., Ibrahium, H. G. Synthesis and cytotoxic evaluation of some substituted pyrazole zirconium(IV) complexes and their biological assay. Applied Organometallic Chemistry. 32 (10), (2018).
  28. Murray, L., O’Farrell, A. -. M., Abrams, T. Preparation of indolinone compounds for treatment of excessive osteolysis. US Patent. , (2004).
  29. Lozinskaya, N. A., et al. Synthesis and biological evaluation of 3-substituted 2-oxindole derivatives as new glycogen synthase kinase 3β inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry. 27 (9), 1804-1817 (2019).
  30. Montforts, F. P., Schwartz, U. M. A directed synthesis of the chlorin system. Liebigs Annalen der Chemie. (6), 1228-1253 (1985).
  31. Uddin, M. I., Thirumalairajan, S., Crawford, S. M., Cameron, T. S., Thompson, A. Improved synthetic route to C-ring ester-functionalized prodigiosenes. Synlett. (17), 2561-2564 (2010).
  32. Brower, J. O., Lightner, D. A., McDonagh, A. F. Aromatic congeners of bilirubin: synthesis, stereochemistry, glucuronidation and hepatic transport. Tetrahedron. 57 (37), 7813-7827 (2001).
  33. Clift, M. D., Thomson, R. J. Development of a Merged Conjugate Addition/Oxidative Coupling Sequence. Application to the Enantioselective Total Synthesis of Metacycloprodigiosin and Prodigiosin R1. Journal of the American Chemical Society. 131 (40), 14579-14583 (2009).
  34. Brower, J. O., Lightner, D. A., McDonagh, A. F. Synthesis of a New Lipophilic Bilirubin. Conformation, Transhepatic Transport and Glucuronidation. Tetrahedron. 56 (40), 7869-7883 (2000).

Play Video

Cite This Article
Benson, N., Davis, A., Woydziak, Z. R. Synthesis of pH Dependent Pyrazole, Imidazole, and Isoindolone Dipyrrinone Fluorophores using a Claisen-Schmidt Condensation Approach. J. Vis. Exp. (172), e61944, doi:10.3791/61944 (2021).

View Video