Summary

Effet isotopique dans le processus de transfert double de proton du porphycène étudié par la méthode améliorée de QM/MM

Published: July 19, 2019
doi:

Summary

Un protocole qui emploie la méthode améliorée de QM/MM pour étudier l’effet isotopique sur le processus de transfert de double proton dans le porphycene est présenté ici.

Abstract

La substitution unique de deutérium dans le porphycène conduit à une géométrie moléculaire asymétrique, qui peut affecter le processus de transfert de double proton dans la molécule de porphycène. Dans cette étude, nous avons appliqué une méthode Améliorée de QM/MM appelée SITS-QM/MM pour étudier des effets d’isotope d’hydrogène/deutérium (H/D) sur le transfert double de proton dans le porphycène. Les changements de distance dans les simulations de dynamique moléculaire SITS-QM/MM ont suggéré que le porphycène substitué au deutérium ait adopté le mécanisme de transfert de double proton stepwise. L’analyse structurale et les changements d’énergie libre du processus de transfert de double proton ont indiqué que la substitution isotopique asymétrique a subtilement comprimé les liaisons d’hydrogène covalentes et peut modifier l’emplacement original de l’état de transition.

Introduction

Le processus de transfert de protons dans les porphycènes contient des applications potentielles dans le développement de commutateurs moléculaires, de transistors et de dispositifs de stockage d’informations1,2. En particulier, la tautomerisation chez les porphycènes par le double processus de transfert de protons a suscité un grand intérêt dans les domaines de la spectroscopie et de la photophysique2. Les atomes intérieurs d’hydrogène du porphycène peuvent migrer d’un isoété trans à l’autre isosomer trans équivalent par le double processus de transfert de protons comme le montre la figure 1. Deux mécanismes ont été proposés pour le double processus de transfert de protons : le mécanisme concerté et le mécanisme stepwise3,4. Dans le processus concerté de transfert de double proton, les deux atomes de proton se déplacent à l’état de transition de façon synchrone d’une manière symétrique, tandis qu’un proton complète le transfert avant l’autre proton dans un processus stepwise. Deux atomes d’hydrogène peuvent se transférer simultanément ou pas à pas en fonction de la force de corrélation entre deux atomes d’hydrogène5.

La substitution isotopique a été utilisée pour détecter les propriétés structurelles des molécules et les constantes de taux de la cinétique de réaction6. La substitution unique de deutérium dans l’hydrogène intérieur du porphycène conduit à une forme asymétrique de la molécule. La liaison d’hydrogène peut se dilater ou se contracter en raison de la différence de masse entre les atomes d’hydrogène et de deutérium. La substitution isotopique introduit une perturbation dans l’échafaudage du porphycène. La question se pose de savoir si la structure asymétrique affecterait le processus de transfert de protons. Limbach et ses collègues ont signalé que le remplacement de l’hydrogène par du deutérium comprimera les deux liaisons d’hydrogène, et le couplage coopératif de deux liaisons d’hydrogène dans le porphycène peut favoriser le mécanisme concerté7, tandis que Yoshikawa a déclaré le la deutration ferait contribuer le mécanisme stepwise plus que le mécanisme concerté8. Des techniques expérimentales, telles que la spectroscopie de force, ont été développées pour capturer des détails de tautomerisation dans un seul porphycène9. Cependant, il est toujours difficile de déterminer les détails atomiques du transfert de proton expérimentalement en raison de sa nature transitoire.

Les calculs et simulations théoriques peuvent servir d’outils complémentaires pour élucider les mécanismes de réaction du transfert de protons. Parmi les différentes méthodes théoriques, les simulations de dynamique moléculaire (MD) peuvent surveiller les mouvements dynamiques de chaque atome, et ont été largement utilisées pour révéler des mécanismes complexes dans les réactions chimiques et enzymatiques. Cependant, les simulations régulières de MD ont tendance à souffrir d’un problème d’échantillonnage insuffisant, surtout lorsqu’il existe une barrière énergétique élevée dans le processus d’intérêt. Par conséquent, des méthodes d’échantillonnage améliorées ont été développées, qui comprennent l’échantillonnage des trajectoires de transition10,11, l’échantillonnage parapluie (US)12,13, et l’échantillonnage de tempérament intégré (ITS)14, 15. La combinaison de différentes méthodes d’échantillonnage améliorées peut encore augmenter l’efficacité de l’échantillonnage16,17,18. Pour exploiter les algorithmes d’échantillonnage améliorés dans la simulation des réactions chimiques, nous avons mis en œuvre la méthode sélective intégrée d’échantillonnage de tempérament (SITS) avec des potentiels mécaniques quantiques et moléculaires (QM/MM) récemment19. La méthode SITS-QM/MM proposée combine les avantages des deux méthodes : la méthode SITS accélère l’échantillonnage et peut explorer tous les canaux de réaction possibles sans connaître préalablement le mécanisme de réaction, et QM/MM fournit une description plus précise de le processus de formation et de rupture des liaisons, qui ne peut pas être simulé uniquement par des méthodes MM. L’approche SITS-QM/MM mise en œuvre a permis de découvrir un double transfert concerté de protons, unmécanisme de transfert de double proton non corrélé et corrélé dans différents systèmes, sans coordination de réaction prédéfinie19. Pour le porphycène, le caractère de transfert de protons en sens inverse mais corrélé a été rapporté19. La méthode hybride SITS-QM/MM a été utilisée pour étudier l’effet isotopique dans le porphycène dans notre étude, et ci-dessous sont les descriptions détaillées de l’algorithme et du protocole de notre méthode.

Nous avons mis en œuvre la méthode SITS avec des potentiels hybrides QM/MM. Le potentiel effectif du SITS a été défini pour inclure l’énergie potentielle à différentes températures avec les facteurs de pondération nk pour couvrir des plages de température plus larges,

Equation 1

où, N est le nombre de termes canoniques, k est la température inverse, et nk est le facteur de pondération correspondant pour chaque composant canonique. UE (En) (R) et UN(R) représentent les termes améliorés et non améliorés dans Les SITS et sont définis comme:

Equation 2

U (U) s, Use et Ue sont l’énergie potentielle du sous-système, l’interaction entre le sous-système et l’environnement, et l’énergie potentielle de l’environnement. Le potentiel QM/MM est exprimé comme une synthèse hybride de trois composantes,

Equation 3

Uqm, Uqm/mm, et Umm sont le terme d’énergie interne du sous-système QM, l’énergie d’interaction entre les régions QM et MM, et l’énergie d’interaction dans le sous-système MM, respectivement. Le terme Uqm/mm peut être divisé en trois composantes, dont l’électrostatique, van der Waals, et les termes d’énergie d’interaction covalente entre les atomes QM et MM,

Equation 4

Nous assignons Equation 5 , et Equation 6 dans un terme U s dans SITS,

Equation 7

Le plein potentiel du système a ensuite été décomposé en énergie du sous-système Us, l’énergie d’interaction entre le sous-système et l’environnement Use, et l’énergie de l’environnement Ue. Par exemple, dans le système du travail actuel, le sous-système est la porphycence, et l’environnement de l’eau.

Le profil PMF le long d’une variable collective (R) est dérivé comme,

Equation 8

Les coordonnées de réaction généralement utilisées pour chaque transfert d’hydrogène de N1etH1 N2 sont q1 ‘ (r1r2)/2 et q2r1 ‘r 2, où sont1 est la distance de N1-H1 et r2 est la distance de H1-N2.

La méthode a été mise en œuvre dans le paquet de simulation QM/MM MD QM4D20. Le code source complet et la documentation peuvent être trouvés ici: http://www.qm4d.info/.

En général, les simulations SITS-QM/MM MD comportent quatre étapes : pré-équilibre (pré-assises); optimisation nk (opt-sits); simulation de production et l’analyse des données.

Protocol

1. Modèle de construction Construire une structure de porphycène : Ouvrez le logiciel GaussView en cliquant deux fois sur la souris. Cliquez ensuite sur le bouton Fragment d’élément dans le menu de la GaussView pour choisir les éléments nécessaires. Construire le porphycène. Cliquez ensuite sur le bouton Fichier pour enregistrer le fichier pdb. Solvate le modèle: Solvate p…

Representative Results

L’effet unique de substitution de deutérium sur le double processus de transfert de protons dans le porphycène a été examiné dans le protocole actuel (figure 1). L’énergie potentielle du sous-système QM et de l’eau pendant l’étape de pré-équilibre et d’optimisation ont été vérifiées pour s’assurer que l’énergie a été élargie à une gamme d’énergie plus large (figure 2). Les changements représentatifs de la distance et de l’angle (figure<stron…

Discussion

La structure du porphycène a été montrée à la figure 1. Le potentiel hybride qM/MM d’intégration électrostatique avec la méthode SITS a été utilisé pour décrire les réactions chimiques dans l’eau23,24. Le transfert de protonse se produit dans le porphycène3 et donc le porphycène est réglé comme région QM et l’eau de rappel est réglé comme région DE MM. Ici, nous avons adopté DFTB / MIO co…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Cette recherche est soutenue par le National Key Research and Development Program of China (2017YFA0206801, 2018YFA0208600), la Natural Science Foundation of Jiangsu Province et la National Natural Science Foundation of China (91645116). L.X est le professeur Zhong-Wu spécialement nommé de l’Université de technologie du Jiangsu. Les auteurs reconnaissent les suggestions du Dr Hao Hu et du Dr Mingjun Yang.

Materials

operating system CentOS Linux release 6.0
QM4D software http://www.qm4d.info/ in-house program
Computer desktop HP

References

  1. Waluk, J. Ground- and excited-state tautomerism in porphycenes. Accounts of Chemical Research. 39 (12), 945-952 (2006).
  2. Waluk, J. Spectroscopy and tautomerization studies of porphycenes. Chemical Reviews. 117 (4), 2447-2480 (2017).
  3. Kozlowski, P. M., Zgierski, M. Z., Baker, J. The inner-hydrogen migration and ground-state structure of porphycene. The Journal of Chemical Physics. 109 (14), 5905-5913 (1998).
  4. Yoshikawa, T., Sugawara, S., Takayanagi, T., Shiga, M., Tachikawa, M. Theoretical study on the mechanism of double proton transfer in porphycene by path-integral molecular dynamics simulations. Chemical Physics Letters. 496 (1-3), 14-19 (2010).
  5. Smedarchina, Z., Shibl, M. F., Kühn, O., Fernández-Ramos, A. The tautomerization dynamics of porphycene and its isotopomers – concerted versus stepwise mechanisms. Chemical Physics Letters. 436 (4-6), 314-321 (2007).
  6. Wolfsberg, M., Hook, W. A., Paneth, P., Rebelo, L. P. N. Isotope effects. The Chemical, Geological, and Bio Sciences. , (2009).
  7. Pietrzak, M., Shibl, M. F., Bröring, M., Kühn, O., Limbach, H. H. 1H/2H NMR studies of geometric H/D isotope effects on the coupled hydrogen bonds in porphycene derivatives. Journal of the American Chemical Society. 129 (2), 296-304 (2007).
  8. Yoshikawa, T., Sugawara, S., Takayanagi, T., Shiga, M., Tachikawa, M. Quantum tautomerization in porphycene and its isotopomers: Path-integral molecular dynamics simulations. Chemical Physics. 394 (1), 46-51 (2012).
  9. Ladenthin, J. N., et al. Force-induced tautomerization in a single molecule. Nature Chemistry. 8 (10), 935-940 (2016).
  10. Dellago, C., Bolhuis, P. G., Csajka, F. S., Chandler, D. Transition path sampling and the calculation of rate constants. The Journal of Chemical Physics. 108 (5), 1964-1977 (1998).
  11. Bolhuis, P. G., Chandler, D., Dellago, C., Geissler, P. L. Transition path sampling: Throwing ropes over rough mountain passes, in the dark. Annual Review of Physical Chemistry. 53 (1), 291-318 (2002).
  12. Torrie, G. M., Valleau, J. P. Nonphysical sampling distributions in monte carlo free-energy estimation: Umbrella sampling. Journal of Computational Physics. 23 (2), 187-199 (1977).
  13. Kästner, J. Umbrella sampling. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science. 1 (6), 932-942 (2011).
  14. Gao, Y. Q. An integrate-over-temperature approach for enhanced sampling. Journal of Chemical Physics. 128 (6), 064105 (2008).
  15. Yang, L., Gao, Y. Q. A selective integrated tempering method. Journal of Chemical Physics. 131 (21), 214109 (2009).
  16. Yang, M., Yang, L., Gao, Y., Hu, H. Combine umbrella sampling with integrated tempering method for efficient and accurate calculation of free energy changes of complex energy surface. The Journal of Chemical Physics. 141 (4), 044108 (2014).
  17. Yang, Y. I., Zhang, J., Che, X., Yang, L., Gao, Y. Q. Efficient sampling over rough energy landscapes with high barriers: A combination of metadynamics with integrated tempering sampling. The Journal of Chemical Physics. 144 (9), 094105 (2016).
  18. Xie, L., Shen, L., Chen, Z. N., Yang, M. Efficient free energy calculations by combining two complementary tempering sampling methods. The Journal of Chemical Physics. 146 (2), 024103 (2017).
  19. Xie, L., Cheng, H., Fang, D., Chen, Z. N., Yang, M. Enhanced QM/MM sampling for free energy calculation of chemical reactions: A case study of double proton transfer. The Journal of Chemical Physics. 150 (4), 044111 (2019).
  20. Hu, X., Hu, H., Yang, W. . QM4D: an integrated and versatile quantum mechanical/molecular mechanical simulation package (http://www.qm4d.info/). , (2016).
  21. Jorgensen, W. L., Chandrasekhar, J., Madura, J. D., Impey, R. W., Klein, M. L. Comparison of simple potential functions for simulating liquid water. The Journal of Chemical Physics. 79 (2), 926-935 (1983).
  22. Walewski, L., et al. Scc-dftb energy barriers for single and double proton transfer processes in the model molecular systems malonaldehyde and porphycene. International Journal of Quantum Chemistry. 106 (3), 636-640 (2006).
  23. Bakowies, D., Thiel, W. Hybrid models for combined quantum mechanical and molecular mechanical approaches. The Journal of Physical Chemistry. 100 (25), 10580-10594 (1996).
  24. Hu, H., Yang, W. Development and application of ab initio QM/MM methods for mechanistic simulation of reactions in solution and in enzymes. Journal of Molecular Structure: THEOCHEM. 898 (1-3), 17-30 (2009).
  25. Xie, L., Yang, M., Chen, Z. N. Understanding the entropic effect in chorismate mutase reaction catalyzed by isochorismate-pyruvate lyase from pseudomonas aeruginosa (PchB). Catalysis Science, Technology. 9 (4), 957-965 (2019).
  26. Shibl, M. F., Pietrzak, M., Limbach, H. H., Kühn, O. Geometric H/D isotope effects and cooperativity of the hydrogen bonds in porphycene. ChemPhysChem. 8 (2), 315-321 (2007).

Play Video

Cite This Article
Tu, Z., Yin, J., Xie, L. Isotopic Effect in Double Proton Transfer Process of Porphycene Investigated by Enhanced QM/MM Method. J. Vis. Exp. (149), e60040, doi:10.3791/60040 (2019).

View Video