Здесь описаны вычислительные инструменты и методы, позволяющие визуализировать и анализировать трех- и четырехмерные данные изображения эмбрионов мышей в контексте осевого удлинения и сегментации, полученные методом оптической проекционной томографии, а также путем живой визуализации и полноразмерного иммунофлуоресцентного окрашивания с использованием многофотонной микроскопии.