Se describe la preparación de rebanadas tímicos que, en combinación con citometría de flujo, pueden ser usados para modelar la selección positiva y negativa de desarrollar células T. Rebanadas tímicos también pueden ser adaptadas para el análisis in situ de la migración de timocitos, la localización, y la señalización a través de inmunofluorescencia y microscopía de dos fotones.