Próximo ao retículo endoplasmático, ou ER, em células eucarióticas, está o Complexo Golgi, uma coleção de compartimentos de membrana em forma de disco com duas faces distintas, cis e trans. Cada porção contém enzimas únicas e proteínas de tráfico, que são responsáveis por modificações e a separação adequada de proteínas e lípidos. Os clusters tubulares que estão localizados mais próximos ao ER compõem a rede cis Golgi, onde as proteínas e lípidos entram pela primeira vez.As moléculas podem mover-se através dos segmentos médios, chamados de cisternas, começando com a cisterna cis. Aqui, eles passam por glicosilação e desglicosilação, a adição e remoção de moléculas de açúcar. Em seguida, as proteínas se movem para as cisternas medial e trans, onde passam por mais glicosilação, bem como fosforilação e sulfatação, a adição de grupos fosfato e sulfônico.Estas modificações tornam as proteínas funcionais na sua destinação final. O quão mais distante do ER for a rede trans Golgi, onde as proteínas recebem rótulos de destino. Por exemplo, uma etiqueta manose 6-fosfato direcionará proteínas em lisossomas para digestão.Dependendo da sua etiqueta, as vesículas de transporte serão expedidas para destinos específicos. Por exemplo, para a membrana plasmática ou para as vesículas secretoras, que libertam o seu conteúdo da célula quando são desencadeadas.