Rivista
/
Genetica
/
Seleção Assistida de Biomarcadores por Tamanho de Efeito de Análise Discriminante Linear (LEfSe) em dados de microbioma
JoVE Journal
Genetica
È necessario avere un abbonamento a JoVE per visualizzare questo.  Accedi o inizia la tua prova gratuita.
JoVE Journal Genetica
Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Seleção Assistida de Biomarcadores por Tamanho de Efeito de Análise Discriminante Linear (LEfSe) em dados de microbioma

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capitoli

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Traduzione automatica

Traduzione automatica

LEfSe (LDA Effect Size) é uma ferramenta para mineração biomarcadora de alta dimensão para identificar características genômicas (como genes, caminhos e taxonomias) que caracterizam significativamente dois ou mais grupos em dados de microbioma.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

Article

Embed

AGGIUNGI ALLA PLAYLIST

Usage Statistics

Video correlati

Citoplasmática microinjeção no gado zigotos assistida laser

Análise transcriptomic de<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA Sequenciação de dados através da Suíte Tuxedo no Projeto Galaxy

Método de Implementação de Retroviral Bidirecional e Metodologia de PCR e Análise Quantitativa de Dados Workflow

Geração independente dependente da seleção e de genes independentes de CRISPR / Cas9 em células de mamíferos

Preparação da amostra e análise de dados da expressão do Gene RNASeq-baseado de Zebrafish

Explorando o microbioma da raiz: extraindo dados da comunidade bacteriana do solo

Análise informática de dados da sequência do lote levedura híbrida-2 telas

Reação em Cadeia da Polimerase Digital de Gota Única para Detecção Abrangente e Simultânea de Mutações em Regiões de Hotspot

Investigação do papel transcricional de um silenciador intrônico RUNX1 por crispr/Cas9 Ribonucleoproteína em células de leucemia mielóide aguda

Transformação da Raiz do Tomate Seguida de Inoculação com Ralstonia Solanacearum para Análise Genética Direta da Doença de Wilt Bacteriano

Read Article