ويصف هذا البروتوكول الخطوات الحاسمة والاحتياطات المطلوبة لأداء متعدد النسخ العكسي خلية مفردة البلمرة المتسلسل بعد التصحيح-المشبك. هذا الأسلوب أسلوب بسيط وفعال لتحليل الشخصية التعبير لمجموعة محددة سلفا من المورثات من خلية واحدة تتميز بتسجيلات المشبك التصحيح.
قشرة الدماغ يتكون من العديد من أنواع الخلايا نستعرض مختلف السمات المورفولوجية والفسيولوجية والجزيئية. ويعوق هذا التنوع من السهل تحديد وتوصيف هذه الأنواع الخلية، شرطان أساسيان لدراسة مهامهم المحددة. توضح هذه المقالة خلية مفردة متعدد النسخ العكسي بوليميريز سلسلة من ردود الفعل (RT-PCR) البروتوكول، الذي يسمح، بعد التصحيح-المشبك تسجيل شرائح، كشف في نفس الوقت التعبير عن عشرات الجينات في خلية واحدة. هذه طريقة بسيطة يمكن تنفيذها مع توصيف الخصائص المورفولوجية وقابلاً للتطبيق على نطاق واسع لتحديد الصفات المظهرية لمختلف أنواع الخلايا وبيئتها الخلوية خاصة، مثل القرب من الأوعية الدموية. مبدأ هذا البروتوكول هو لتسجيل نسخ خلية مع تقنية المشبك التصحيح، الحصاد وعكس محتواه هيولى، والكشف عن نوعي متعدد التعبير عن مجموعة معرفة مسبقاً من الجينات ببكر. أنه يتطلب تصميم دقيق [بكر] كبسولة تفجير وحل المشبك التصحيح داخل الخلايا متوافق مع RT-PCR. للتأكد من نسخة انتقائية وموثوق بها يتطلب الكشف، هذا الأسلوب أيضا ضوابط ملائمة من حصاد السيتوبلازم إلى خطوات التضخيم. على الرغم من الاحتياطات التي نوقشت هنا يجب أن يتبع تماما، يمكن استخدام تقريبا أي المختبر الكهربية الخلية واحد متعدد تقنية RT-PCR.
قشرة الدماغ وتضم العديد من أنواع الخلايا في مختلف العمليات الفسيولوجية. على تحديد وتوصيف، شرطا أساسيا لفهم وظائفها المحددة، يمكن أن تكون صعبة للغاية نظراً لتنوع المورفولوجية والفسيولوجية والجزيئية الكبيرة التي تتسم بها أنواع الخلايا القشرية1 ،2،،من34.
خلية واحدة متعدد RT-PCR يستند إلى المزيج من التصحيح-المشبك وتقنيات RT-PCR. ويمكن التحقيق في وقت واحد أكثر من 30 من الجينات المعرفة مسبقاً في الخلايا التي تم تحديدها اليكتروفيسيولوجيكالي5. إدراج الراسم العصبية في ماصة تسجيل زيادة يسمح توصيف الخصائص المورفولوجية للخلايا مسجل بعد الوحي histochemical6،،من78،9، 10. وأسلوب مفيدة جداً لتصنيف أنواع الخلايا العصبية على أساس تحليل متعدد المتغيرات لتلك الصفات المظهرية5،،من910،11،12 ،،من1314. خلية مفردة متعدد RT-PCR هو أيضا مناسبة لتوصيف الخلايا غير العصبية مثل أستروسيتيس15،،من1617، ويمكن تطبيقها عمليا على كل الدماغ بنية18، 19،20،21،22،23 وخلية نوع، على افتراض أنها يمكن أن تسجل في تكوين كل خلية.
هذا الأسلوب مريحة للغاية لتحديد مصادر الخلوية و/أو أهداف لانتقال أنظمة7،8،15،16،،من2021، 24،25،26،،من2728، لا سيما عندما لا توجد أجسام مضادة محددة. فإنه يعتمد على تسجيلات المشبك التصحيح من الخلايا المحددة بصريا29، ومما يسمح أيضا لاستهداف الخلايا في15،،من8بيئة خلوية خاصة16. وعلاوة على ذلك منذ سيتوارتشيتيكتوري أنسجة الدماغ محفوظاً في شرائح المخ، كما يتيح هذا النهج دراسة العلاقات التشريحية للخلايا تتميز بعناصر الخلايا العصبية وغير العصبية7،8 , 18.
نظراً لهذه التقنية محدودة بمبلغ المقطوع السيتوبلازم وكفاءة الرايت، الكشف عن مرناً المعرب عنها في عدد نسخ منخفضة يمكن أن يكون صعباً. على الرغم من أن النهج الأخرى القائمة على التكنولوجيا رناسيق تسمح لتحليل الترنسكربيتوم كله من خلايا مفردة3،4،،من3031، يحتاجون التعاقب مكلفة الفائق ليس بالضرورة متاح لكل مختبر. حيث يستخدم تقنية RT-PCR متعدد خلية مفردة بكر نقطة النهاية، فإنه يتطلب فقط ثيرموسيكليرس متاحة على نطاق واسع. يمكن أن توضع بسهولة في مختبرات مجهزة بالهياكل الكهربية ولا تتطلب معدات باهظة الثمن. يمكن ذلك، خلال يوم واحد، توفير تحليل نوعي للتعبير عن مجموعة معرفة مسبقاً من الجينات. وهكذا، هذا النهج يوفر سهولة وصول إلى توصيف الجزيئية للخلايا المفردة بطريقة سريعة.
وحيد الخلية متعدد RT-PCR بعد التصحيح-المشبك يمكن موثوق بها وفي الوقت نفسه التحقيق أكثر من 30 من الجينات في الخلايا التي تم تحديدها اليكتروفيسيولوجيكالي5. تحليل التعبير الجيني على مستوى الخلية الواحدة يتطلب كفاءة عالية [بكر] كبسولة تفجير. واحدة من الخطوات التي تحد آخر جمع لمحتوى ا?…
The authors have nothing to disclose.
ونشكر الدكتور ألكسندر مروة على تعليقاته على المخطوطة. بتأييد هذا العمل من المنح المقدمة من الوكالة الوطنية للبحث (ANR الملز 2011 003 01؛ ANR-15-CE16-0010 والوكالة الوطنية للمعلومات-17-CE37-0010-03)، رقم معتمد من قبل الزمالة من صب مؤسسة بحوث sur la الزهايمر. ونحن نشكر مرفق الحيوان من إيببس (باريس، فرنسا).
MACAW v.2.0.5 | NCBI | Multiple alignement for primer design | |
Dithiothreitol | VWR | 443852A | RT |
Random primers | Sigma-Aldrich (Merck) | 11034731001 | RT |
dNTPs | GE Healthcare Life Sciences | 28-4065-52 | RT and PCR |
RNasin Ribonuclease Inhibitors | Promega | N2511 | RT |
SuperScript II Reverse Transcriptase | Invitrogen | 18064014 | RT |
Taq DNA Polymerase | Qiagen | 201205 | PCR |
Mineral Oil | Sigma-Aldrich (Merck) | M5904-5ML | PCR |
PCR primers | Sigma-Aldrich (Merck) | PCR / desalted and diluted at 200 µM | |
Tubes, 0.5 mL, flat cap | ThermoFisher Scientific | AB0350 | RT and PCR |
BT10 Series – 10 µL Filter Tip | Neptune Scientific | BT10 | RT and PCR |
BT20 Series – 20 µL Filter Tip | Neptune Scientific | BT20 | RT and PCR |
BT200 Series – 200 µL Filter Tip | Neptune Scientific | BT200 | RT and PCR |
BT1000 Series – 1000 µL Filter Tip | Neptune Scientific | BT1000.96 | RT and PCR |
DNA Thermal Cylcer | Perkin Elmer Cetus | PCR | |
Ethidium Bromide | Sigma-Aldrich (Merck) | E1510-10ML | Agarose gel electrophoresis |
Tris-Borate-EDTA buffer | Sigma-Aldrich (Merck) | T4415-1L | Agarose gel electrophoresis |
UltraPure Agarose | Life Technologies | 16500-500 | Agarose gel electrophoresis |
ΦX174 DNA-Hae III Digest | NEB (New England BioLabs) | N3026S | Agarose gel electrophoresis |
EDA 290 | Kodak | Agarose gel electrophoresis | |
Electrophoresis Power supply EPS 3500 | Pharmacia Biotech | Agarose gel electrophoresis | |
Midi Horizontal Elecrophoresis Unit Model SHU13 | Sigma-Aldrich (Merck) | Agarose gel electrophoresis | |
Smooth paper with satin appearance | Fisherbrand | 1748B | Patch clamp internal solution |
Potassium Hydroxyde | Sigma-Aldrich (Merck) | 60377 | Patch clamp internal solution |
Ethylene glycol-bis(2-aminoethylether)-N,N,N′,N′-tetraacetic acid | Sigma-Aldrich (Merck) | E3889 | Patch clamp internal solution |
HEPES | Sigma-Aldrich (Merck) | H4034 | Patch clamp internal solution |
Potassium D-gluconate | Sigma-Aldrich (Merck) | G4500 | Patch clamp internal solution |
Magnesium chloride solution | Sigma-Aldrich (Merck) | M1028 | Patch clamp internal solution |
5500 Vapor Pressure Osmometer | Wescor | Patch clamp internal solution | |
Biocytin | Sigma-Aldrich (Merck) | B4261 | Patch clamp internal solution |
Sucrose | Sigma-Aldrich (Merck) | S5016 | Slice preparation |
D-(+)-Glucose monohydrate | Sigma-Aldrich (Merck) | 49159 | Slice preparation |
Sodium chloride | Sigma-Aldrich (Merck) | S6191 | Slice preparation |
Potassium chloride | Sigma-Aldrich (Merck) | 60128 | Slice preparation |
Sodium bicarbonate | Sigma-Aldrich (Merck) | 31437-M | Slice preparation |
Sodium phosphate monobasic | Sigma-Aldrich (Merck) | S5011 | Slice preparation |
Magnesium chloride solution | Sigma-Aldrich (Merck) | 63069 | Slice preparation |
Calcium chloride solution | Sigma-Aldrich (Merck) | 21115 | Slice preparation |
Kynurenic acid | Sigma-Aldrich (Merck) | K3375 | Slice preparation |
Isoflurane | Piramal Healthcare UK | Slice preparation | |
VT 1000S | Leica Biosystems | 14047235613 | Slice preparation |
Hydrogen peroxide solution | Sigma-Aldrich (Merck) | H1009 | Patch Clamp set-up cleaning |
Thin Wall Glass Capillaries with filament | World Precision Instruments | TW150F-4 | Patch Clamp |
PP-83 | Narishige | Patch Clamp | |
Eppendorf Microloader | Eppendorf | 5242956003 | Patch Clamp |
BX51WI Upright microscope | Olympus | Patch Clamp | |
XC-ST70/CE CCD B/W VIDEO CAMERA | Sony | Patch Clamp | |
Axopatch 200B Amplifier | Molecular Devices | Patch Clamp | |
Digidata 1440 | Molecular Devices | Patch Clamp | |
pCLAMP 10 software suite | Molecular Devices | Patch Clamp | |
10 mL syringe | Terumo | SS-10ES | Expelling |
E Series with Straight Body (Holder) | Phymep | 64-0997 | Expelling |
Sodium phosphate dibasic | Sigma-Aldrich (Merck) | S7907 | Histochemical revelation |
Sodium phosphate monobasic | Sigma-Aldrich (Merck) | S8282 | Histochemical revelation |
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich (Merck) | P6148 | Histochemical revelation |
Triton X-100 | Sigma-Aldrich (Merck) | X100 | Histochemical revelation |
Gelatin from cold water fish skin | Sigma-Aldrich (Merck) | G7041 | Histochemical revelation |
Streptavidin, Alexa Fluor 488 conjugate | ThermoFisher Scientific | S11223 | Histochemical revelation |
24-well plate | Greiner Bio-One | 662160 | Histochemical revelation |