Um protocolo proteômico de marcação de proximidade de lisossomos neuronais é descrito aqui para caracterizar o microambiente lisossômico dinâmico em neurônios derivados de células-tronco pluripotentes induzidas por humanos. Proteínas de membrana lisossômica e proteínas que interagem com lisossomos (estável ou transitoriamente) podem ser quantificadas com precisão neste método com excelente resolução espacial intracelular em neurônios humanos vivos.