הפרוטוקול הנוכחי מתאר מיקרוסקופיה פלואורסצנטית של יריעות אור ושיטות אוטומטיות בסיוע תוכנה כדי להמחיש ולכמת במדויק טפילי טריפנוזומה קרוזי ותאי T מתרבים ורדומים באיברים ורקמות שלמים ומנוקים. טכניקות אלה מספקות דרך אמינה להעריך את תוצאות הטיפול ומציעות תובנות חדשות על אינטראקציות בין טפיל לפונדקאי.