Denne protokol indeholder detaljerede instruktioner til etablering af murine tyndtarmsorganoider, isolering af medfødte lymfoidceller af type 1 fra murine tyndtarmen lamina propria og etablering af 3-dimensionelle (3D) co-kulturer mellem begge celletyper for at studere tovejsinteraktioner mellem tarmepitelceller og type 1 medfødte lymfoide celler.