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Minería heurística de genotipos jerárquicos y loci del genoma accesorio en poblaciones bacterianas
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Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations
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Minería heurística de genotipos jerárquicos y loci del genoma accesorio en poblaciones bacterianas

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•

08:03 min

•

December 07, 2021

DOI:

10.3791/63115-v

DOI:
10.3791/63115-v

•

08:03 min
December 07, 2021

•

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1Department of Computer Science and Engineering,University of Nebraska-Lincoln, 2Department of Food Science and Technology,University of Nebraska-Lincoln, 3Nebraska Food for Health Center,University of Nebraska-Lincoln

Summary

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Esta plataforma computacional analítica proporciona orientación práctica para microbiólogos, ecólogos y epidemiólogos interesados en la genómica de poblaciones bacterianas. Específicamente, el trabajo presentado aquí demostró cómo realizar: i) mapeo guiado por filogenia de genotipos jerárquicos; ii) análisis de genotipos basado en la frecuencia; iii) análisis de parentesco y clonalidad; iv) identificación del linaje diferenciador de loci accesorios.

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Heuristic MiningHierarchical GenotypesAccessory Genome LociBacterial PopulationsProkEvoComputational PlatformScalable AnalysisPan-genomic ContentGenotype MappingPathogenic LineagesPublic Health SurveillanceBacterial Population GenomicsGigi TreePhylogenetic TreeData Aggregation

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Pavlovikj, N., Gomes-Neto, J. C., Benson, A. K. Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations. J. Vis. Exp. (178), e63115, doi:10.3791/63115 (2021).

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