Denne protokollen gir trinnene fra DNA-ekstraksjon til eksperimentelt oppsett for digital dråpe PCR (ddPCR), inkludert analyse for identifisering og kvantifisering av ikke-homologe slutt-sammenføyningshendelser (NHEJ) på målsteder etter gRNA-indusert Cas9-spalting og DNA-reparasjon. Andre bruksområder for denne metoden inkluderer applikasjoner som polymorfismedeteksjon og genredigeringsvariantverifisering.