Questo protocollo fornisce le fasi dall'estrazione del DNA al set-up sperimentale per la PCR a goccia digitale (ddPCR), compresa l'analisi per l'identificazione e la quantificazione di eventi di giunzione finale non omologa (NHEJ) nei siti bersaglio a seguito di scissione Cas9 indotta da gRNA e riparazione del DNA. Altri usi di questo metodo includono applicazioni come il rilevamento del polimorfismo e la verifica delle varianti di modifica genetica.