यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल आरएनए-अनुक्रमण ट्रांसक्रिप्टोम डेटा का विश्लेषण करने के लिए एक पूर्ण पाइपलाइन का वर्णन करता है कच्चे पठन से कार्यात्मक विश्लेषण तक, जिसमें गुणवत्ता नियंत्रण और उन्नत सांख्यिकीय विश्लेषणात्मक दृष्टिकोणों के लिए प्रीप्रोसेसिंग चरण शामिल हैं।