Journal
/
Inmunología y contagio
/
Transcriptoomanalyse met hoge doorvoer voor het onderzoeken van gastheer-pathogeeninteracties
JoVE Revista
Inmunología y contagio
Author Produced
Se requiere una suscripción a JoVE para ver este contenido.  Inicie sesión o comience su prueba gratuita.
JoVE Revista Inmunología y contagio
High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Transcriptoomanalyse met hoge doorvoer voor het onderzoeken van gastheer-pathogeeninteracties

DOI:
10.3791/62324-v

•

14:58 min

•

March 05, 2022

•

, , , , ,
1Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School,University of São Paulo, 2Scientific Platform Pasteur USP, 3Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences,University of São Paulo, 4Hospital Israelita Albert Einstein

Capítulos

  • 00:07Introduction
  • 01:15Docker Desktop Installation
  • 04:25Quality Control
  • 05:10Mapping and Annotation Steps
  • 05:51Differentially Expressed Genes Process
  • 06:10Transfer Data to the Personal Computer
  • 12:02Representative Results
  • 14:22Conclusions

Summary

Traducción Automática

Traducción Automática

Het hier gepresenteerde protocol beschrijft een complete pijplijn om RNA-sequencing transcriptoomgegevens te analyseren, van ruwe reads tot functionele analyse, inclusief kwaliteitscontrole en voorbewerkingsstappen tot geavanceerde statistische analytische benaderingen.

Tags

– High-throughput Transcriptome Analysis- Host-pathogen Interactions- Quality Control- Sequencing And Annotations- Statistical And Co-expression Analysis- Molecular Degree Of Perturbation Analysis- Functional Analysis- Docker Container- Chikungunya Virus- RNA Sequencing- Reference Genome- Gene Annotation

Article

Embed

Añadir a la lista de reproducción

Usage Statistics

Videos relacionados

Het gebruik van een optische val voor de Studie van gastheer-pathogeen interacties voor Dynamic live cell imaging

Gebruik van de EpiAirway Model voor het karakteriseren van op lange termijn gastheer-pathogeen interacties

High-throughput Detection Methode voor Influenza Virus

Quantitative High-throughput Eencellige cytotoxiciteit T cellen

Een vergelijkende benadering van het Landschap van gastheer-pathogeen eiwit-eiwit interacties karakteriseren

High-throughput screening voor Breed-spectrum Chemische Remmers van RNA-virussen

High-throughput Gene Tagging in<em> Trypanosoma brucei</em

Een nieuwe methode voor Kwalitatieve Multi-schaal analyse van bacteriële biofilms op draadschimmelcel Koloniën met behulp van confocale en Electron Microscopy

Evaluatie van de Host-Pathogen reacties en werkzaamheid van het vaccin in muizen

Co-Culture-tests met hoge doorvoer voor het onderzoek naar microbiële interacties

Read Article