يصف هذا البروتوكول كيفية إصابة الأعضاء المعوية البشرية من جانبها apical أو basolateral لتوصيف التفاعلات المضيف / الممرض على مستوى الخلية الواحدة باستخدام تقنية تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (scRNAseq).