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Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere
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Explorar el microbioma de la raíz: extracción de datos de la comunidad bacteriana del suelo, rizosfera y raíz Endosphere

DOI:
10.3791/57561-v

•

09:55 min

•

May 02, 2018

•

, , ,
1Department of Plant and Microbial Biology,University of California, Berkeley, 2Plant Gene Expression Center,USDA ARS

Kapitel

  • 00:05Titel
  • 00:46Collection and Separation of Root Endosphere, Rhizosphere, and Soil Samples
  • 02:47DNA Extraction
  • 04:11Amplicon Library Preparation and Submission
  • 08:21Results: Effective DNA Amplification
  • 09:10Conclusion

Summary

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Aquí, describimos un protocolo para obtener datos de la secuencia del amplicón del suelo, rizosfera y raíz endosphere microbiomes. Esta información puede utilizarse para investigar la composición y diversidad de las comunidades microbianas asociadas de planta y es conveniente para el uso con una amplia gama de especies de plantas.

Tags

Root MicrobiomeSoilRhizosphereRoot Endosphere16S Ribosomal RNA GeneCommunity ProfilingMicrobial EcologyDNA ExtractionSequencing LibrarySoil CoreRhizosphere SeparationRoot WashingDNA Extraction

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