Summary

نمو المؤجل تثبيط الفحص لتحديد تأثير مضادات الميكروبات المستمدة البكتيريا على المنافسة

Published: September 03, 2016
doi:

Summary

The deferred growth inhibition assay can be used to assess the competition effect by one bacterial isolate on another. Inhibition is quantified by measuring the zone of clearing around the inhibitor-producing isolate, or qualitatively assessed by determining the visible extent of inhibition.

Abstract

Competitive exclusion can occur in microbial communities when, for example, an inhibitor-producing strain outcompetes its competitor for an essential nutrient or produces antimicrobial compounds that its competitor is not resistant to. Here we describe a deferred growth inhibition assay, a method for assessing the ability of one bacterium to inhibit the growth of another through the production of antimicrobial compounds or through competition for nutrients. This technique has been used to investigate the correlation of nasal isolates with the exclusion of particular species from a community. This technique can also be used to screen for lantibiotic producers or potentially novel antimicrobials. The assay is performed by first culturing the test inhibitor-producing strain overnight on an agar plate, then spraying over the test competitor strain and incubating again. After incubation, the extent of inhibition can be measured quantitatively, through the size of the zone of clearing around the inhibitor-producing strain, and qualitatively, by assessing the clarity of the inhibition zone. Here we present the protocol for the deferred inhibition assay, describe ways to minimize variation between experiments, and define a clarity scale that can be used to qualitatively assess the degree of inhibition.

Introduction

Bacteria living in communities compete at the interspecific and intraspecific level for space and nutrients 6. Competition between microbes can often lead to exclusion of particular species or strains within a community. Exclusion can be due to competition for a particular receptor or nutrient, or the production of an antimicrobial compound by a member of the community 6.

Studies investigating competitive exclusion frequently examine the presence and absence of species using 16S rRNA sequencing 3,4,13. However, intraspecific trait variation, for example the presence or absence of antimicrobial peptide production, can hugely impact the ability of one species to inhibit another 1. Since 16S rRNA sequencing cannot distinguish between strains of the same species, intraspecific trait variation cannot be assessed. The technique described here can be used to assess the potential of individual strains to exclude other bacteria. This method has previously been used to show a positive correlation between the presence of Staphylococcus aureus inhibitory bacteria and the absence of S. aureus in a nasal community 7.

The deferred growth inhibition (competition) assay can identify production of antimicrobial compounds or nutrient competition by the inhibitor strain. It can also detect positive interactions, whereby the presence of the inhibitor strain actually improves the growth of the competitor strain. This assay can be used to create quantitative data (zone of clearing size) and qualitative data (degree of inhibition), both of which can be overlaid onto data of the presence or absence of a species within a community to find correlations between phenotype (trait) and competitive exclusion 7.

Protocol

ويتم تكييف الطريقة التالية 7،8 لاختبار سلالات منافس مع السلالات المنتجة للالمانع. ملاحظة: هذا البروتوكول يتضمن الجيل الهباء الجوي مع الثقافات البكتيرية. هذا لا يمكن إلا أن يؤديها في مكان معزول مع تنفيذ اعتبارات السلامة المعتمدة محليا. والرش للثقافة على لوحات أجار داخل مجلس الوزراء السلامة مستوى 2 لحد من التلوث من لوحات أجار والبيئة المحيطة. وهذا أيضا حماية باحث من استنشاق الهباء الجوي من البكتيريا رش، وهذا هو مصدر قلق كبير إذا كان الباحث يستخدم مستوى الاحتواء 2 الكائنات الحية. يجب ارتداء معدات الوقاية الشخصية المناسبة. المنطقة المحيطة طبق بتري هو أفضل مغطاة نسيج ماص المتاح. وينصح بعد رش التطهير باستخدام الأشعة فوق البنفسجية. 1. إعداد لوحات أجار إعداد ضخ القلب الدماغ (BHI) أجار وفقا لمانوتعليمات facturer و. الأوتوكلاف أجار بهي في درجة حرارة 121 مئوية، و 15 رطل لمدة 20 دقيقة، أو وفقا لتوصيات الأوتوكلاف الشركة المصنعة، لتعقيم. صب 15 مل aliquots من أجار BHI تعقيمها في أطباق بتري معقمة والسماح لها لتعيين. ملاحظة: تأكد كل لوحة أجار لاستخدامها داخل ينشأ فحص من نفس الرصيد من أجار وأن هناك نفس القدر من أجار في كل لوحة. وهذا يحد من التقلبات في المواد الغذائية المتاحة ونشر المانع بين لوحات السماح المقارنة. 2. إعداد العقيمة مرق إعداد BHI مرق وفقا لتعليمات الشركة الصانعة. إضافة 10 مل aliquots من BHI إلى 28 زجاجات عالمية مل الزجاج. الأوتوكلاف مرق BHI في درجة حرارة 121 مئوية، و 15 رطل لمدة 20 دقيقة، أو وفقا لتوصيات الأوتوكلاف الشركة المصنعة، لتعقيم. ملاحظة: تأكد من أن جميع مرق المستخدمة في فحص تنبع من نفس دفعة من التسليم مرقoclaved في نفس الوقت للحد من التباين في المواد الغذائية التي يمكن أن تسبب الاختلاف في النتائج. 3. إعداد العقيمة مبخر زجاجة (ق) تفكيك زجاجة vapourizer. رش 5٪ سطح عامل تنظيف فعال من خلال vapourizer للقضاء على الملوثات الداخلية، نقع الزجاجة vapourizer، غطاء وvapourizer في 5٪ سطح عامل تنظيف فعال بين عشية وضحاها. يجب استخدام قفازات ومعدات الوقاية الشخصية المناسبة عند التعامل مع سطح نشط عامل التنظيف: ملاحظة. تجفيف المرذاذ، غطاء وزجاجات معقمة تحت غطاء تدفق الهواء. ملء زجاجة مع 70٪ من الإيثانول، أعد vapourizer ورش بعض من الايثانول من خلال vapourizer. وضع غطاء على المرذاذ وتخزينها مع الايثانول داخل حتى الاستخدام. مباشرة قبل الاستخدام، جو معقم و مطهر شطف الزجاجة مع مرق BHI معقمة ورش مرق من خلال vapourizer. ملاحظة: هذا يمنع قسم الشؤون المالية الإيثانولecting قيحة يضاف إلى زجاجة في القسم 6.3. 4. إعداد ثقافة البكتيرية بين عشية وضحاها (ق) خط منافس ومثبط سلالات على العقيمة لوحة بهي أجار واحتضان عند 37 درجة مئوية هوائيا لحوالي 18 ساعة (بين عشية وضحاها). ملاحظة: هذه لوحة تنتج مخزون من البكتيريا التي يمكن استخدامها لمكررات متعددة ضمن نفس الأسبوع عند تخزينها في 4 درجات مئوية. تطعيم 10 مل من مرق BHI العقيمة مع مستعمرة واحدة من سلالة بكتيرية منافس المطلوبة في غضون 28 مل زجاجة العالمية. احتضان زجاجة العالمية عند 37 درجة مئوية هوائيا بين عشية وضحاها عن طريق هز بسرعة 250 دورة في الدقيقة شاكر المداري. 5. بقعة الثقافة لعزل المانع المنتجة لل إعداد الثقافة بين عشية وضحاها (ق) كما هو موضح في القسم 4. ضمان لوحات أجار جافة تماما، مع عدم وجود التكثيف على الغطاء، وقبل التلقيح (على سبيل المثال التي يحتضنها جيش التحرير الشعبى الصينىالشركة المصرية للاتصالات لمدة 60 دقيقة عند 37 درجة مئوية). هذا يمنع اللقاح من الانتشار عبر لوحة من موقع التلقيح. ماصة 25 ميكرولتر من الثقافة بين عشية وضحاها على مركز لوحات أجار. تجنب الاكتئاب تماما المكبس ماصة لمنع فقاعات الهواء التي تنشر الثقافة عبر أجار. السماح للثقافة حتى يجف في درجة حرارة الغرفة للحد من انتشار الثقافة. احتضان لوحات أجار عند 37 درجة مئوية هوائيا بين عشية وضحاها. 6. إعداد بخاخ اللقاح من سلالة اختبار منافس (ق) إعداد الثقافة بين عشية وضحاها كما هو موضح في الفقرة 4. تمييع بين عشية وضحاها ثقافة 10 أضعاف في BHI مرق لانتاج ما يقرب من 4 × 10 6 كفو مل -1، وتعليق OD 600 0.3 ± 0.05. ملاحظة: سوف 10 التخفيف أضعاف لم يعط 4 × 10 6 كفو -1 مل لجميع الأنواع البكتيرية، وحساب معامل التخفيف اللازم من قبل انتشار طلاء التخفيفات المسلسل بين 1 × 10 <sتصل> -1 -1 × 10 -6. صب ثقافة المخفف في بلاستيكية زجاجة عطر المرذاذ معقمة. ملاحظة: يجب أن يكون الحجم الكلي أكثر مما هو ضروري لعدد من لوحات أجار يجري رش. ما يقرب من 250 ميكرولتر لكل لوحة هو مناسبة ل9 سم القطر طبق بيتري. 7. النمو المؤجلة تثبيط الفحص رش الثقافة من خلال كل من زجاجات المرذاذ للتأكد من أن يتم تحميل الثقافة في آلية رذاذ قبل الرش على أجار. من مسافة حوالي 15 سم فوق أجار، رش حوالي 250 ميكرولتر من ثقافة المخفف (3 رشاشات من نموذجي 50 مل المرذاذ) على سطح أجار بأكمله. احتضان لوحات أجار عند 37 درجة مئوية هوائيا بين عشية وضحاها. كرر لوحات أخرى مع نفس العدد من الرش. 8. تفسير المؤجلة نتائج إعاقة النمو الفحص قياس منطقة تثبيط نمو competi رشتور سلالة (الشكل 1A – C، "X" إلى "X") في ملليمتر، بطرح قطر بقعة مركزية من المانع والمنتج (الشكل 1A – C، "Y" إلى "Y"). ملاحظة: الشكل 1E يبين كيف يمكن تقديم هذه البيانات تسجيل درجة وضوح للمناطق تثبيط. ملاحظة: هذا يدل على درجة من تثبيط لوحظ. وتظهر الأمثلة في الشكل 1A – D، واقترح السلالات التي يمكن أن تستخدم لتوحيد في قسم النتائج تمثيلا. مقياس التالية يمكن استخدامها لوضوح التسجيل: درجة وضوح 0 لوصف منطقة تثبيط كامل للنمو السلالة منافس. والنتيجة من 1 لوصف منطقة تثبيط شبه كامل النمو، مع المستعمرات فقط الفردية الموجودة في منطقة المقاصة. وإذا كانت النتيجة 2 لوصف منطقة مرئية من انخفاض النمو، والنمو في هذه المنطقة هو يخدعطلاقة أو بالقرب متموجة ولكن انخفاض في كثافة من قبل> 50٪. والنتيجة من 3 لوصف للحد من نمو الحد الأدنى فقط، والنمو غير متكدسة وبنسبة أقل من 50٪، وهي منطقة لا تزال واضحة وقابلة للقياس. والنتيجة من 4 لوصف أي تثبيط واضح على النمو. إذا كانت النتيجة 5 لوصف أن نمو السلالة منافس وزاد في القرب من اختبار سلالة إنتاج المانع. انظر الشكل 1 للحصول على أمثلة. هذه الحسابات غير موضوعية للاختبارات. 9. مكررات كرر فحوصات على الأقل في ثلاث نسخ البيولوجي لتحديد استنساخ النتائج المتحصل عليها. ملاحظة: إذا يتم تنفيذ مكررات في أيام مختلفة، أخذ قياسات ويسجل لوحات مباشرة بعد إزالة من الحضانة، وبعد ذلك إما لوحات تخزين عند 4 درجات مئوية أو التقاط صور عالية الجودة لوحات قبل التخلص منها. تخزين أو الصور من لوحات تمكن من السهل مقارنة النتائج بين أيام مختلفة، رله أهمية خاصة لتأكيد التسجيل استنساخه عبر أيام / التجارب. كن على علم أن تخزين لوحات لديه القدرة على تغيير النتائج. ملاحظة: للحصول على واضحة لوحات الصور مكان تستقيم من دون غطاء على خلفية أسود غير لامع في مجال الاضاءة، واستخدام كاميرا عالية الدقة (≥8 MP) قادرة على التركيز على الأجسام القريبة من العدسة (وضع الماكرو). بدلا من ذلك، يمكن لبعض التصوير هلام مع العابرة للإضاءة المقرر أن الضوء الأبيض انتاج عالية الجودة والصور استنساخه للغاية.

Representative Results

وينبغي أن تكون نتائج الفحص ملاحظتها أن هناك فرق في سلالة مضافين منافس قرب رصدت مركزيا سلالة إنتاج المانع (الشكل 1). ويمكن تفسير هذه الاختلافات كما تثبيط الكامل (الشكل 1A)، وتثبيط جزئي (1B الشكل و1C)، لا تثبيط (1D الشكل) أو ارتباط إيجابي. المختبر على نطاق واسع سلالات س. البشروية Tü3298 وس. البشروية Rp62A، وس. البشروية Rp62A وس. استخدمت الذهبية نيومان في أرقام 1B و1D على التوالي. نقترح أن هذه السلالات يمكن استخدامها لاختبار هذا البروتوكول. اعتمادا على الأنواع التي تم اختبارها، وتثبيط الكامل وتثبيط جزئي هم على الأرجح نتيجة الببتيدات المضادة للميكروبات، والمضادات الحيوية أو غيرها من inhibito النمو إنتشاري التمرير التي تنتجها السلالة المنتجة للالمانع. كما تم ربط تثبيط جزئي إلى انخفاض توافر المواد الغذائية لسلالة منافس يرجع إلى امتصاص أو عزل من المواد الغذائية من قبل سلالة المانع 6. مقارنة بين حجم منطقة تثبيط بين مختلف العزلات المنتجة المانع اختبارها ضد نفس السلالة منافس تشير الاختلافات في أي مما يلي: كمية مضادات الميكروبات التي تنتجها السلالة المنتجة للالمانع. قدرة المانع لنشر عبر وسائل الإعلام. نوع المانع إنتاج ومستوى المقاومة سلالة منافسا لمثبطات يتم إنتاجها. مقارنة بين حجم منطقة تثبيط بين سلالات مختلفة منافس اختبارها ضد نفس السلالة المنتجة للالمانع هي تدل على مستويات مقاومة سلالات منافسا لالمانع التي يتم إنتاجها. <p class="jove_content" fo:keep-together.wسوف تختلف ithin الصفحات = "1"> النتائج اعتمادا على سلالة المثبطة المستخدمة وسلالة منافس المستخدمة. يجب تكرار استخدام نفس السلالة المثبطة ومنافس لها بشكل مثالي بنفس النتيجة الوضوح (هو موضح في القسم 8.2)، وهذا يدل استخدمت أسلوب جيد طوال الوقت. إذا حدث التطبيق غير المناسب للبكتيريا لا ينبغي أن تستخدم لوحات. على سبيل المثال، إذا كانت الثقافة اختبار منافس هو أيضا تخفيف ومنطقة تثبيط تبدو أكبر ومع حافة أقل وضوحا من عادة لوحظ (الشكل 2A). هذا من شأنه أن يؤثر على مصداقية أية قياسات منطقة المقارنة. إذا لم تجفف بقعة سلالة إنتاج المانع تماما قبل الحضانة بين عشية وضحاها، ومن المرجح أن تنتشر وليس تشكيل بقعة محددة بشكل واضح (الشكل 2B)، الذي يصيب عادة قياسات منطقة ولكن يمكن أن تؤثر أيضا على وضوح التهديف سلالة المانع. إذا كانت سلالة منافسلا رش بالتساوي وهذا يمكن أن يؤدي إلى انتشار غير المتكافئ للبكتيريا (الشكل 2C). إذا يتركز الضغط منافس جدا فمن الممكن أن سلالة منافس قد تنمو على الجزء العلوي من سلالة المانع (الشكل 2C)، في الحالات القصوى يمكن أن يؤدي ذلك إلى بعض انقلاب الأدوار سلالة منافس / المانع. الشكل 1: مجموعة من النتائج النوعية والكمية التي يمكن الحصول عليها من نمو المؤجل تثبيط فحص نتائج لتثبيط نمو يمكن أن تتراوح من (أ) تثبيط كامل (درجة 0)، (ب) تثبيط جزئي (درجة 1) (C) تثبيط جزئي (درجة 2) إلى (D) لا تثبيط (برصيد 4). وتشير العلامات حواف نمو سلالات المانع (Y) والحافة الخارجية من تثبيطمناطق (X). حجم منطقة مجموعة تثبيط من 0 ملم إلى أكثر من 10 ملم، كما هو مبين في (E)، مما يدل على قياسات لوحات صورت في A، يتم عرض B، C و D. نتائج لعزلات المكورات العنقودية الأخيرة (A ، C) أو المكورة العنقودية مختبر المشتركة يعزل س. البشروية Tü3298 (المانع) و س البشروية Rp62A (منافس) (B)، وس. البشروية Rp62A (المانع) و س الذهبية نيومان (منافس) (D). الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم. الشكل 2: أمثلة على نتائج غير متناسقة بسبب سوء تقنية قد تظهر نتائج مختلفة من المتوقع إذا (A. </stroنانوغرام>) سلالة منافس وتمييع للغاية، وكان (ب) المانع سلالة لم يجف تماما قبل الحضانة / لوحات لم تكن جافة أو (ج) إذا كان لا رش سلالة منافس بالتساوي وتركزت جدا. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

Discussion

خطوة مهمة من هذا البروتوكول منافسة الأنواع البكتيرية التي يميزه عن الآخرين، هو الحضانة بين عشية وضحاها من المانع عزل قبل إضافة عزل منافس. يتطلب سلالة المانع هذه الفترة نمو لإنتاج مركبات المثبطة. كما مضافين سلالة منافس على قمة نفس المتوسطة، هذا الأسلوب يسمح للباحث لمراقبة الإمكانات الكاملة من سلالة المانع للتدخل في النمو من سلالة منافس. ونتيجة لذلك، يعكس هذا الاختبار ما يحدث مع الطبيعة؛ تم تأسيس عزلة واحدة تماما في محراب، والآخر يجب أن يكون قادرا على مواجهة أي متغيرات المثبطة لتكون قادرة على غزو بنجاح المتخصصة.

هناك شقان لهذا البروتوكول التي هي الأكثر احتمالا للتسبب نتائج خاطئة إذا أجريت بشكل غير صحيح. أولا، التعقيم غير كامل من زجاجات المرذاذ يمكن إدخال تلوث البكتيريا في الفحص. Incubation من مرق المستخدمة لشطف زجاجة المرذاذ في الخطوة 3.6 في وعاء معقم يمكن استخدامها لتأكيد الزجاجات وتعقيمها تماما. يغسل إضافية في مجال حلول مطهرة، مثل Virkon، ويمكن استخدامها قبل غسل في سطح عامل تنظيف فعال، هو موضح في الخطوة 3.2، إذا كنت بحاجة التعقيم إضافية.

والخطوة الثانية التي قد تسبب نتائج خاطئة تتلخص في تخفيف الضغط منافس (الخطوة 6.1). إذا تمييع هو ليس الأمثل، والقياسات واضحة من تثبيط قد لا يتم بسهولة تحديد. وكان محسن هذا الاختبار باستخدام مختلف العزلات الأنفية كما مثبط لانتاج سلالات عبر مجموعة واسعة من الأنواع إيجابية الجرام وسالبة الجرام مقابل S. الذهبية SH1000 كما 7،8 منافس سلالة. وبعد ذلك تم اختباره باستخدام مختلف العنقوديات المخثرة سلبية والمخثرة إيجابية، ومنافس والسلالات المنتجة المانع. عند اختبار أجناس أخرى غير تلك المذكورة أعلاه كمنافسسلالة، قد يكون من الضروري بعض تعظيم الاستفادة من تخفيف لقيحة.

إذا العشرات وضوح تتفاوت تفاوتا كبيرا بين تكرار، فإنه قد يكون من الضروري توحيد اللقاح منافس سلالة من خلال وضع لكثافة بصرية محددة. ومع ذلك، فإن هذا سوف يزيد من وقت الفحص يأخذ لاقامة، ومن المرجح أن تقلل من عدد من سلالات أنه من الممكن معالجة في التجربة. تعديل بصريا الثقافة إلى OD المناسب باستخدام معيار مكفارلاند قد توفر البديل السريع.

واحد الحد من هذا الأسلوب هو أنه يمكن تطبيقه فقط على البكتيريا زروع. هذا هو السبب في استخدام العديد من الدراسات 16S الريباسي تسلسل للتنبؤ التفاعلات استبعاد تنافسية 3،4،13. ومع ذلك، يمكن أن التقنيات الوراثية وmetagenomic يميز فقط أفراد المجتمع إلى مستوى الأنواع، و / أو لا تمثل بشكل خاص الاختلاف سمة ضمن النوع. فمن الممكن للكشف عن الجمعية من particulع الجينة التي تكود سمة مع وجود أو عدم وجود الأنواع البكتيرية ولكن هذا يتطلب قبل معرفة الجين المرجح أن تكون مرتبطة مع استبعاد الأنواع.

وهناك اعتبار السلامة من هذه التقنية هو أنه نظرا للجيل الهباء الجوي من البكتيريا، ويمكن أن تستخدم إلا في المختبرات مع خزانة السلامة مستوى 2، أو مع احتياطات السلامة مماثلة. هناك تقنيات بديلة لاختبار المنافسة بين العزلات التي تمثل الاختلاف سمة ضمن النوع ولا تولد الهباء الجوي من البكتيريا. واحدة من هذه الطريقة هي في وقت واحد العداء فحص 2. في هذه الطريقة، وتنتشر على اللقاح من عزلة واحدة على لوحة أجار، ورصدت اللقاح عزل الثاني أو طعن على رأس مرة الأولى قد جفت. وهذا من شأنه إنتاج بيئة حيث سلالات هي في منافسة مباشرة (العداء في وقت واحد)، وكلاهما المتنافسة لإنتاج مركبات المثبطة ومسح العناصر الغذائية أولا. والميزه(ه) من المؤجل فحص تثبيط النمو خلال فحص العداء في وقت واحد هو أن عزل المانع يجب أن يكون دائما على ميزة تنافسية من إنشائها بشكل كامل قبل غزو عزل منافس. هذا هو أكثر تعبيرا عن ما يمكن أن يحدث في البيئة، كما هو الحال في معظم المنافذ، وسيتم إنشاء عزلة واحدة قبل أن يتم أضاف سلالة أخرى، بدلا من اثنين العزلات التي تضاف في نفس الوقت 8.

بديل آخر لتجنب توليد الهباء الجوي من البكتيريا سيكون لإضافة منافس عزل في أكبر أجار، التي يمكن أن سكب بدلا من رش على عزل المانع. ومع ذلك، فإن حجم رأس أجار أضاف بحاجة إلى أن ما يقرب من 3 مل لضمان التغطية حتى من لوحة. داخل هذا المجلد، فإن عزل منافس لا يكون المتزايد على نفس وسائل الإعلام مثل عزل المانع، لذلك لن تعاني من انخفاض المواد المغذية. ان منافس أيضا لا تكون على اتصال مباشر مع أي المركبات المثبطة الاتحاد الوطني للعمالايل أنها تنتشر في الجزء العلوي أجار. لا يمكن وصف مثل هذا الفحص كما تثبيط المؤجلة أو العداء في وقت واحد.

وقد سبق أن استخدم طريقة مماثلة لتقييم مستويات المقاومة باسيتراسين بين S. السريري يعزل الذهبية 10. والفرق الرئيسي بين البروتوكول وصفها هنا والتي وصفت من قبل 10 سنوات، وهذا الأخير سلالات منافس السرية فقط كما الحساسة (كاملة الوضوح inhibition- تصبح النتيجة 0) أو المقاومة (جزئي دون وضوح inhibition- يسجل 1-5). لذا يمكن أن تستخدم أيضا المؤجلة فحص تثبيط النمو للكشف عن مستويات المقاومة لمنتجي الأدوية المضادة للميكروبات معينة، أو حتى للبحث عن مضادات الميكروبات جديدة فعالة ضد الجراثيم المقاومة للعقاقير المتعددة.

وقد أشير إلى أن البكتيريا المضيف يمكن التلاعب بها للقضاء على أعضاء غير مرغوب فيه من المجتمع البكتيري 9. تطبيق corynebacteria أو العنقودياتylococcus وقد ثبت البشروية بالفعل للقضاء على س. الاستعمار الذهبية في فتحتي الأنف في نسبة كبيرة من السكان 11،12. وبالتالي قد يؤدي الدراسات إلى سلالات محددة يمكن استبعاد تنافسية أعضاء غير مرغوب فيه من النباتات المضيفة، من خلال تقنيات مثل واحد هو موضح هنا، إلى العلاجات المستقبلية.

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

ويتم تمويل المجلس المشترك للبلديات من قبل جائزة BBSRC-IPA مع شركة يونيليفر بي (BB / L023040 / 1). ويتم تمويل HAG من قبل وزارة في المملكة العربية السعودية من التعليم العالي دكتوراه دراسية ل.

Materials

Brain heart infusion broth Lab M lab049 rich general purpose media
agar-agar Merck Milipore 101614
petri dishes Sarstedt 82.1473.001
plastic perfume vaporizer not known 10 cm high with 3.5 cm diameter clear plastic spray bottle with lid, purchased from the travel section of a supermarket
Universal bottles no longer in production, alternative SLS BOT5006 28 ml glass cylindrical bottle (approx 280 mm diameter, 850 mm height), flat bottomed with plastic screw cap
Decon 90 Decon  surface active cleaning agent 

Referenzen

  1. Bolnick, D. I., et al. Why intraspecific trait variation matters in community ecology. Trends Ecol Evol. 26 (4), 183-192 (2011).
  2. Christensen, G. J. M., et al. Antagonism between Staphylococcus epidermidis and Propionibacterium acnes and its genomic basis. BMC Genomics. 17 (152), (2016).
  3. Faust, K., et al. Microbial co-occurrence relationships in the human microbiome. PloS Comput Biol. 8 (7), (2012).
  4. Frank, D. N., Feazel, L. M., Bessesen, M. T., Price, C. S., Janoff, E. N., Pace, N. R. The Human nasal microbiota and Staphylococcus aureus carriage. PLoS One. 5 (5), e10598 (2010).
  5. Fredheim, E. G., Flaegstad, T., Askarian, F., Klingenberg, C. Colonisation and interaction between S. epidermidis and S. aureus in the nose and throat of healthy adolescents. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 34, 123-129 (2015).
  6. Hibbing, M. E., Fuqua, C., Parsek, M. R., Peterson, S. B. Bacterial competition: surviving and thriving in the microbial jungle. Nat Rev Microbiol. 8, 15-25 (2010).
  7. Libberton, B., Coates, R. E., Brockhurst, M. A., Horsburgh, M. J. Evidence that intraspecific trait variation among nasal bacteria shapes the distribution of Staphylococcus aureus. Infect Immun. 82 (9), 3811-3815 (2014).
  8. Libberton, B., Horsburgh, M. J., Brockhurst, M. A. The effects of spatial structure, frequency dependence and resistance evolution on the dynamics of toxin-mediated microbial invasions. Evol appl. 8, 738-750 (2015).
  9. Liu, C. M., et al. Staphylococcus aureus and the ecology of the nasal microbiome. Sci Adv. 1, e1400216 (2015).
  10. Nascimento, J. S., Ceotto, H., Nascimento, S. B., Giambiagi-deMarval, M., Santos, K. R., Bastos, M. C. Bacteriocins are alternative agents for control of multiresistant staphylococcal strains. Lett Appl Microbiol. 42, 215-221 (2006).
  11. Park, B., Iwase, T., Liu, G. Y. Intranasal application of S. epidermidis prevents colonization by methicillin-resistant Staphylococcus aureus in mice. PLoS One. 6 (10), e25880 (2011).
  12. Uehara, Y., et al. Bacterial interference among nasal inhabitants: eradication of Staphylococcus aureus from nasal cavities by artificial implantation of Corynebacterium sp. J Hosp Infect. 44, 127-133 (2000).
  13. Wos-Oxley, M. L., et al. A poke into the diversity and associations within human anterior nare microbial communities. ISME J. 4, 839-851 (2010).

Play Video

Diesen Artikel zitieren
Moran, J. C., Crank, E. L., Ghabban, H. A., Horsburgh, M. J. Deferred Growth Inhibition Assay to Quantify the Effect of Bacteria-derived Antimicrobials on Competition. J. Vis. Exp. (115), e54437, doi:10.3791/54437 (2016).

View Video