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液体クロマトグラフィー質量分析とバイオインフォマティクスによるペプチドグリカンの半定量分析
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JoVE 杂志 生物化学
Semi-Quantitative Analysis of Peptidoglycan by Liquid Chromatography Mass Spectrometry and Bioinformatics
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液体クロマトグラフィー質量分析とバイオインフォマティクスによるペプチドグリカンの半定量分析

DOI:
10.3791/61799-v

•

09:09 min

•

October 13, 2020

•

, , ,
1Department of Molecular and Cellular Biology,University of Guelph, 2Mass Spectrometry Facility,University of Guelph

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 01:07Peptidoglycan Sacculi Extraction
  • 03:17Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (LC-MS) Chromatogram Spectral Processing
  • 04:11Differential Spectral Feature Analysis
  • 05:06Muropeptide Annotation Spectral Features
  • 06:18Muropeptide Global Change Modification Assessment
  • 07:07Results: Representative Muropeptide Fragmentation and Identification and Peptidoglycan Composition Analysis
  • 08:31Conclusion

Summary

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このプロトコルは、液体クロマトグラフィー質量分析と高度な特徴抽出およびバイオインフォマティクス分析ソフトウェアを組み合わせたペプチドグリカン組成の詳細な分析をカバーしています。

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PeptidoglycanMass SpectrometryBioinformaticsPeptidoglycomicsSacculi ExtractionSDS TreatmentEnzymatic DigestionLiquid Chromatography-mass Spectrometry

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