यहां, हम मिट्टी, rhizosphere, और रूट endosphere microbiomes के amplicon अनुक्रम डेटा प्राप्त करने के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन । यह जानकारी संरचना और संयंत्र से संबंधित माइक्रोबियल समुदायों की विविधता की जांच करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, और संयंत्र प्रजातियों की एक विस्तृत श्रृंखला के साथ प्रयोग के लिए उपयुक्त है ।