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Explorant le Microbiome racine : extraire les données de la communauté bactérienne du sol, rhizosphère et racine endosphère
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JoVE 杂志 遗传学
Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere
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Explorant le Microbiome racine : extraire les données de la communauté bactérienne du sol, rhizosphère et racine endosphère

DOI:
10.3791/57561-v

•

09:55 min

•

May 02, 2018

•

, , ,
1Department of Plant and Microbial Biology,University of California, Berkeley, 2Plant Gene Expression Center,USDA ARS

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:46Collection and Separation of Root Endosphere, Rhizosphere, and Soil Samples
  • 02:47DNA Extraction
  • 04:11Amplicon Library Preparation and Submission
  • 08:21Results: Effective DNA Amplification
  • 09:10Conclusion

Summary

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Nous décrivons ici un protocole pour obtenir des données de séquence amplicon du sol, la rhizosphère et racine endosphère microbiomes. Cette information peut être utilisée pour étudier la composition et la diversité des communautés microbiennes associées aux plantes et est adaptée pour l’utilisation avec un large éventail d’espèces végétales.

Tags

Root MicrobiomeSoilRhizosphereRoot Endosphere16S Ribosomal RNA GeneCommunity ProfilingMicrobial EcologyDNA ExtractionSequencing LibrarySoil CoreRhizosphere SeparationRoot WashingDNA Extraction

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