Здесь мы представляем протокол для получения трехцветных smFRET данных и их анализ с 3D ансамбль скрытой марковской модели. С этим подходом ученые могут извлекать кинетическая информацию из сложных белковых систем, включая кооперативность или коррелированные взаимодействий.