An Integrated Workflow to Study the Promoter-Centric Spatio-Temporal Genome Architecture in Scarce Cell Populations

Lloren&#231; Rovirosa; Laureano Tom&#225;s-Daza; Blanca Urmeneta; Alfonso Valencia; Biola M. Javierre

doi:10.3791/65316

Journal

Genetics

A Comprehensive Approach to Studying the Promoter Interactome in Scarce Cells

April 21, 2023

זרימת עבודה משולבת לחקר ארכיטקטורת הגנום המרחבי-זמני הממוקדת במקדם באוכלוסיות תאים נדירות

01:54 min

•

884 Views

ליזה ועיכול של תאים נדירים

01:16 min

•

189 Views

קשירה ו decrosslinking של DNA תאים נדירים

01:06 min

•

160 Views

סוניקציה ומשיכת ביוטין של דנ"א של תאים נדירים

01:47 min

•

243 Views

dATP-tailling, קשירת מתאמים והגברת PCR של DNA תאי נדיר

03:34 min

•

265 Views

לכידת ספרייה, משיכת ביוטין והגברת PCR באמצעות ספריית DNA של תאים נדירים

02:37 min

•

196 Views

Llorenç Rovirosa*¹, Laureano Tomás-Daza*^1,2, Blanca Urmeneta¹, Alfonso Valencia^2,3, Biola M. Javierre^1,4

¹Josep Carreras Leukaemia Research Institute, ²Barcelona Supercomputing Center, ³Catalan Institution for Research and Advanced Studies (ICREA), ⁴Institute for Health Science Research Germans Trias i Pujol

Summary

ביטוי גנים מוסדר על ידי אינטראקציות של מקדמי גנים עם אלמנטים רגולטוריים דיסטליים. כאן, אנו מסבירים עד כמה קלט נמוך Capture Hi-C (liCHi-C) מאפשר לזהות אינטראקציות אלה בסוגי תאים נדירים, שבעבר לא היו ניתנים למדידה.