An Integrated Workflow to Study the Promoter-Centric Spatio-Temporal Genome Architecture in Scarce Cell Populations

Lloren&#231; Rovirosa; Laureano Tom&#225;s-Daza; Blanca Urmeneta; Alfonso Valencia; Biola M. Javierre

doi:10.3791/65316

Journal

Genetics

A Comprehensive Approach to Studying the Promoter Interactome in Scarce Cells

April 21, 2023

سير عمل متكامل لدراسة بنية الجينوم المكاني والزماني المتمحورة حول المروج في مجموعات الخلايا النادرة

01:54 min

•

884 Views

تحلل وهضم الخلايا النادرة

01:16 min

•

189 Views

ربط وفك تشابك الحمض النووي للخلايا النادرة

01:06 min

•

160 Views

Sonication والبيوتين سحب الحمض النووي للخلايا النادرة

01:47 min

•

243 Views

dATP- المخلفات ، وربط المحول ، وتضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل للحمض النووي للخلايا النادرة

03:34 min

•

265 Views

التقاط المكتبة ، وسحب البيوتين لأسفل ، وتضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل باستخدام مكتبة الحمض النووي للخلايا النادرة

02:37 min

•

197 Views

Llorenç Rovirosa*¹, Laureano Tomás-Daza*^1,2, Blanca Urmeneta¹, Alfonso Valencia^2,3, Biola M. Javierre^1,4

¹Josep Carreras Leukaemia Research Institute, ²Barcelona Supercomputing Center, ³Catalan Institution for Research and Advanced Studies (ICREA), ⁴Institute for Health Science Research Germans Trias i Pujol

Summary

يتم تنظيم التعبير الجيني من خلال تفاعلات محفزات الجينات مع العناصر التنظيمية البعيدة. هنا ، نحدد كيف يسمح انخفاض الإدخال Capture Hi-C (liCHi-C) بتحديد هذه التفاعلات في أنواع الخلايا النادرة ، والتي كانت غير قابلة للقياس في السابق.