כאן אנו מציגים פרוטוקול לבידוד גרעינים מהמוחות של מודל בעלי החוליות קצרי הימים Nothobranchius furzeri עבור יישומים במורד הזרם כגון ריצוף RNA בעל גרעין יחיד או בדיקת גרעין יחיד עבור כרומטין נגיש לטרנספוזאז עם ריצוף (ATAC-seq).