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Développement et essais d’analyses quantitatives pcr spécifiques aux espèces pour les applications de l’ADN environnemental
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Development and Testing of Species-specific Quantitative PCR Assays for Environmental DNA Applications
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Développement et essais d’analyses quantitatives pcr spécifiques aux espèces pour les applications de l’ADN environnemental

DOI:
10.3791/61825-v

•

08:54 min

•

November 05, 2020

•

, , ,
1Columbia Environmental Research Center,U.S. Geological Survey

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:18Generation of a Sequence Database of Mitochondrial DNA Sequences from Target and Non-target Species of Interest
  • 02:03Assay Design
  • 03:56Assay Screening and Optimization
  • 06:21Results: A. ligamentina qPCR Assay
  • 08:23Conclusion

Summary

Automatic Translation

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Les analyses d’ADN environnemental nécessitent une conception, des tests, une optimisation et une validation rigoureux avant que la collecte de données sur le terrain puisse commencer. Ici, nous présentons un protocole pour emmener les utilisateurs à travers chaque étape de la conception d’une espèce spécifique, basée sur la sonde qPCR analyse pour la détection et la quantification d’un ADN d’espèces cibles à partir d’échantillons environnementaux.

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Keywords: Environmental DNAEDNAQuantitative PCRQPCRSpecies-specific AssayAssay DesignSequence AlignmentNCBIGeneiousMUSCLEPrimer DesignProbe DesignContaminationConservationWildlife Management

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