Journal
/
Genetics
/
Identifikation af fodspor af RNA: protein komplekser via RNA Immunopræcipitation i tandem efterfulgt af sekventering (RIPiT-SEQ)
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing (RIPiT-Seq)

Identifikation af fodspor af RNA: protein komplekser via RNA Immunopræcipitation i tandem efterfulgt af sekventering (RIPiT-SEQ)

DOI:
10.3791/59913-v

•

09:26 min

•

July 10, 2019

•

, ,
1Department of Molecular Genetics, Center for RNA Biology,The Ohio State University

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:40Cell Harvesting and Formaldehyde Treatment
  • 02:50FLAG Immunoprecipitation and RNase I Digestion
  • 04:09Affinity Elution and Magnetic Bead-antibody Conjugation
  • 05:14Second Immunoprecipitation
  • 06:12RNA Extraction and Analysis
  • 07:51Results: RNA and Protein Yields
  • 08:38Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Her præsenterer vi en protokol for at berige endogene RNA-bindingssteder eller "fodspor" af RNA: protein (RNP)-komplekser fra pattedyrsceller. Denne fremgangsmåde involverer to immunoprecipitationer af RNP under enheder og er derfor døbt RNA chromatinimmunpræcipitation i tandem (ripit).

Tags

RNA ImmunoprecipitationRIPiT-SeqRNA-protein ComplexesEpitope-tagged ProteinCRISPRImmunoprecipitationRNA ExtractionHEK293 CellsRNA Binding ProteinsRNA ProcessingDiseasesNeuropathiesCancer

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Generation af indfødte kromatin Immunoprecipitation sekventering biblioteker for Nucleosome tæthed analyse

Undersøgelse af RNA syntese ved hjælp af 5-Bromouridine mærkning og Immunoprecipitation

Sjælden begivenhed registrering ved hjælp af fejl-korrigeret DNA og RNA sekventering

Kunstige RNA polymerase II forlængede komplekser til dissekering af co-transkriptionelle RNA-behandlings hændelser

Enkelt celle-RNA-sekvensering og analyse af humane bugspytkirtel-øer

Identifikation af cirkulære RNAs ved hjælp af RNA-sekvensering

Tomatrod Transformation Efterfulgt af podning med Ralstonia Solanacearum for ligetil genetisk analyse af bakteriel visnesygdom

Screening og identifikation af RNA-lyddæmpningsundertrykkere fra udskillede effektorer af plantepatogener

Transkription-wide profilering af Protein-RNA interaktioner ved cross-linking og immunoprecipation medieret af FLAG-Biotin Tandem Rensning

Opdagelse af CsgD-regulatoriske mål i salmonella biofilm ved hjælp af kromatin Immunopræcipitation og High-gennemløb Sequencing (ChIP-SEQ)

Read Article