Diagnostische fragmentatie filtering, geïmplementeerd in MZmine, is een elegante, post-acquisitie benadering van het scherm LC-MS/MS datasets voor hele klassen van zowel bekende als onbekende natuurlijke producten. Deze tool zoekt MS/MS Spectra voor product ionen en/of neutrale verliezen die de analist heeft gedefinieerd als zijnde diagnostische voor de gehele klasse van verbindingen.