Exploring Sequence Space to Identify Binding Sites for Regulatory RNA-Binding Proteins

Ravinder Singh

doi:10.3791/59635

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Erkundung des Sequenzraums zur Identifizierung von Bindungsstellen für regulatorische RNA-bindende Proteine

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Exploring Sequence Space to Identify Binding Sites for Regulatory RNA-Binding Proteins

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Erkundung des Sequenzraums zur Identifizierung von Bindungsstellen für regulatorische RNA-bindende Proteine

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11:34 min

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August 09, 2019

DOI:

10.3791/59635-v

DOI:

10.3791/59635-v

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11:34 min

August 09, 2019

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Ravinder Singh¹

¹Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology,University of Colorado at Boulder

Summary

Sequenzspezifität ist entscheidend für die Genregulation. Regulatorische Proteine, die bestimmte Sequenzen erkennen, sind wichtig für die Genregulation. Die Definition funktioneller Bindungsstellen für solche Proteine ist ein schwieriges biologisches Problem. Ein iterativer Ansatz zur Identifizierung einer Bindungsstelle für ein RNA-bindendes Protein wird hier beschrieben und ist auf alle RNA-bindenden Proteine anwendbar.

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Sequence Space Binding Sites Regulatory RNA-binding Proteins Saturation Mutagenesis Protein-binding Site Disease Diagnosis Therapy Random Library RNA Pool Binding Reaction High Affinity Specific Binders PCR T7 RNA Polymerase Transcription Gel Purification Autoradiography

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