Microglia मस्तिष्क प्रतिरक्षा कोशिकाओं है कि सर्वेक्षण और सुघड़ परिवर्तन जो मात्रात्मक मूल्यांकन किया जा सकता है के माध्यम से बदल मस्तिष्क शरीर क्रिया विज्ञान के लिए प्रतिक्रिया कर रहे हैं । यह प्रोटोकॉल कक्ष प्रभाव, जटिलता, और आकृति जैसे मीट्रिक के अनुसार सतत डेटा के रूप में microglia आकृति विज्ञान का प्रतिनिधित्व करने के लिए एक ImageJ आधारित विश्लेषण प्रोटोकॉल को रेखांकित करता है.