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Análisis de todo el genoma con chip para identificar objetivos específicos para cada isoforma Gene
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Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets
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Análisis de todo el genoma con chip para identificar objetivos específicos para cada isoforma Gene

español

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11:19 min

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July 07, 2010

DOI:

10.3791/2101-v

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10.3791/2101-v

•

11:19 min
July 07, 2010

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1Department of Biochemistry and Molecular Genetics,University of Illinois Chicago – UIC, 2Research Unit on Biomedical Informatics,Universitat Pompeu Fabra, 3Genome Technology Core,Whitehead Institute for Biomedical Research

Summary

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Aquí estamos presentando una inmunoprecipitación de cromatina (CHIP) Procedimiento para el análisis de localización en todo el genoma de las isoformas de la proteína que se diferencian en un dominio de unión a las histonas. Estamos aplicando a CHIP-Seq análisis para identificar los objetivos de la histona desmetilasa KDM5A/JARID1A/RBP2.

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Genome-wide AnalysisChIPIsoform-specific Gene TargetsTranscriptional FactorsEpigenetic FactorsProtein DomainsPlant Homeodomain (PHD)Histone ModificationsRBP2Oncogenic FusionHuman LeukemiaTrimethylated Lysine 4Histone H3 (H3K4me3)RBP2 IsoformDifferentiationU937 CellsGenomic RegionsHistone Demethylase ActivityTranscriptional Activity

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Beshiri, M. L., Islam, A., DeWaal, D. C., Richter, W. F., Love, J., Lopez-Bigas, N., Benevolenskaya, E. V. Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets. J. Vis. Exp. (41), e2101, doi:10.3791/2101 (2010).

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