Aqui, apresentamos um método automatizado de digestão de proteínas plasmáticas para análise proteômica quantitativa baseada em espectrometria de massa. Neste protocolo, as etapas de transferência e incubação de líquidos para desnaturação, redução, alquilação e reações de digestão de tripsina são simplificadas e automatizadas. Leva aproximadamente cinco horas para preparar uma placa de 96 poços com precisão desejada.