מערכות אקולוגיות מזוהמות מאוד ניתנות לניקוי מרעלים על ידי אורגניזמים, כגון חיידקים, פטריות וצמחים, בתהליך שמכונה שיקום ביולוגי. לדוגמה, לאחר זיהום נפט, מדענים יכולים להמריץ את גידול הזן טבעי של חיידקי פסאודומונס על ידי הוספת חומרי תזונה לסביבה, אשר יכולים לשמש לפירוק פחמימני הנפט מהזיהום. עם זאת, רבים מהחיידקים האלה יפרקו את הפחמימנים לפחמן דו-חמצני, מזהם גדול נוסף.אך מדענים מסוימים משנים כעת תהליכי חילוף חומרים בחיידקים כחוליים כדי להגביר ייצור גלוקוזה, וכתוצאה מכך להגביר את סילוק הפחמן הדו-חמצני מהאטמוספירה.