Stark verschmutzte Ökosysteme können von Organismen wir Bakterien, Pilzen und Pflanzen gereinigt werden, ein Vorgang, der sich Bioremediation nennt. Zum Beispiel können Wissenschaftler nach einer Ölpest das Wachstum natürlich vorkommender Spezies von Pseudomonabakterien stimulieren, indem sie der Umgebung Nährstoffe zusetzen, die genutzt werden können, um die Erdölkohlenwasserstoffe der Ölpest zu zersetzen. Viele dieser Bakterien werden jedoch diese Erdölkohlenwasserstoffe in Kohlendioxid umwandeln, was ein weiterer dominierender Schadstoff ist. Aber manche Wissenschaftler modifizieren jetzt Stoffwechselprozesse von Cyanobakterien, um die Produktion von Glukose zu erhöhen und die Entfernung von Kohlendioxid aus der Atmosphäre zu erhöhen.