ここで体内の高時空間的解像度でライブ イメージングの傷の修復に関連する炎症性応答プロトコルを提案する.このメソッドは、長期的な画像と時間の経過と共に特定の細胞集団の追跡を有効にするショウジョウバエ開発の蛹を利用し、効率的な RNAi による遺伝子の不活性化と互換性が。
組織の損傷を急速な炎症性応答、時に生得の免疫組織の細胞は傷害のサイトにすぐに募集しています。一度、傷を自然免疫系細胞は、感染症と闘う、壊死の破片をクリア、マトリックスの成膜を刺激することなどの基本的な機能の数を実行します。この免疫反応を調節する多彩なシグナル伝達イベントが理解するために複雑の振る舞い (との間に発生する相互作用) を観察することが重要です複数セル血統、体内の高と、リアルタイム時空間的解像度。光の透光性とショウジョウバエの胚の遺伝的トレーサビリティ ライブ イメージに非常に貴重なモデルとしてのショウジョウバエを確立しているし、のメカニズムを含む炎症性細胞の動作の基本的な側面を解剖発達分散、アポトーシスの死体および/または微生物病原体と傷に募集のクリアランス。しかし、最近の作品は-ショウジョウバエ蛹-ショウジョウバエのライフ サイクルの後期に採用数 RNAi の効率を改善する、長い期間、イメージングなどの明確な利点を提供することを示している今、大きい免疫細胞数が大幅に。ここで画像の傷の修復のためのプロトコルとライブのショウジョウバエ蛹の高時空間的解像度に関連付けられている炎症反応について述べる。再上皮化と炎症の両方のダイナミクスに従う、上皮と自然免疫系細胞の生体内特定の蛍光マーカーの数を使用します。また、損傷部位から写真コンバーチブル fluorophores が付いて、楓など、移行の動作を追跡する、特定の免疫細胞サブセットを次のと解決の有効性を示します。
効率的かつ効果的な炎症反応は、感染症と闘うし、がれき、負傷者の組織1の修理調整を行うすべての生物のため極めて重要です。この応答では、ほとんどの組織の損傷の必然的な結果ですが、炎症は厳格な規制を必要とする異なる疾病 (慢性の非治癒の傷を含むさまざまな不適切な炎症性応答をリンクしてありますので過度の瘢痕化とがん素因)1,2,3。この臨床的意義を考えると、それは新しい予後指標と慢性炎症の範囲を扱うための戦略を開発するために炎症性応答を運転の分子・細胞メカニズムの詳細な理解を得ることが重要条件は、修復組織の長引くと不必要な炎症を防ぐ可能性があります。
近年、ショウジョウバエは人間4,5に昆虫から保存された炎症性応答の基本的な特徴を解剖する老舗で、貴重なモデル システムになっています。現時点では、ショウジョウバエを提供 (マウス、ゼブラフィッシュなど)、その他の実験モデルで現在可能であるよりもはるかに大きい遺伝の少ない生体内で正確な時空間的遺伝的操作を許可する (不活化するまたは定義された発達の時点で特定のセル型内で興味の任意の遺伝子表現) とゲノム性スクリーン6,7。伝統的に、創傷治癒やショウジョウバエの炎症のほとんどのライブ イメージング研究において実施されてきた萌芽期の段階、胚、不動 (ショウジョウバエ幼虫または大人) とは異なり、光学的透明ができます。比類のない高分解能生体内でイメージ投射8。これは胚上皮9,を機械的またはレーザ誘起損傷に応答傷口にショウジョウバエ自然免疫系細胞 (血球) の急速な採用を可視化する研究者を許可しています。10,11,12,13,14. 遺伝子操作とこれらのライブ イメージング研究を組み合わせて、ショウジョウバエの胚の研究が多くの重要な免疫細胞のタンパク質を制御する炎症細胞挙動の生体内を発見しました。たとえば、CED 1 相同物ドレイパー (、ITAM ドメインを含むタンパク質) が発見されました重要な ‘損傷受容体」として、仲介募集ショウジョウバエ免疫細胞 H2O2-のサイトに依存する方法15をに損傷を与えます。免疫細胞内の生地屋のレベルは、カルシウム誘起 JNK シグナル伝達とアポトーシス死体吸収12の下流高架によって規制されて順番。血球運動さらに傷口に向かって指示の移行を調整する複雑な骨格の変更を必要とし、これは蛋白質のアクチン束ファシン16など Rho ファミリーの小さな骨格調節物質の活性に依存して分子量 gtp 結合タンパク質 Rac と Rho9。
ショウジョウバエは、成人17に到達する前の胚に続く追加の幼虫と蛹の段階を通過大人形昆虫です。ショウジョウバエの蛹は様々 な動的細胞イベントが、卵細胞の移行18、細胞分裂19、セル成長20、筋肉などの非侵襲的ライブ イメージングのために追加のモデルとして開発されました。収縮21。最近では、それは傷の修理や炎症体内22,23のダイナミクスを研究するための新たなモデルとして確立されています。
ショウジョウバエ蛹は、胚の段階と同じように、その不透明な蛹の場合18から慎重な郭清後の不動と光学的透明。この光の透過性を活かした、蛹翅22などのショウジョウバエ蛹組織内組織の損傷に対して自然免疫系細胞 (血球) の生体内挙動を従うことができます 1 つ。蛹の翼は翼周辺に接続されている 2 つの大型フラット上皮シートで構成されるシンプルな二重構造として存在します。これらの 2 つの上皮の層間細胞外領域は、体液 (昆虫の血) と運動性血球24の多数でいっぱいです。胚と同様翼上皮に機械的またはレーザ誘起損傷は損傷サイト23に血球の急速な採用をトリガーします。しかし、この蛹は以前の胚の段階でイメージングのためのいくつかの明確な利点を提供しています。負傷した蛹のイメージを作成 (少なくとも 5 h) をはるかに長い期間より多くの組織領域は (複数の傷の生成) など実験的摂動と血球でこのステージ (現在のかなり大きい数があります。改良された統計的検出力の数学の分析中にさらに距離からより多くのセルの軌跡を提供する)。さらに、RNAi による遺伝子不活化の効率が可能にする ‘をノックダウン’ 組織や胚のより伝統的な変異全体アプローチに比べて時間に固有の方法で多くの遺伝子、蛹の段階でかなり改善します。
傷再上皮化およびこの新しい蛹モデル内でそれに伴う炎症反応のダイナミクスに従う、ために 2 つの異なる細胞集団をラベルする必要があります: 蛹の上皮と (ショウジョウバエ自然免疫系細胞血球)。(材料表) の別のマーカーの数はこれらの 2 つの異なる細胞集団をラベルに使用可能な – マーカーの選択調査される特定のプロセスに依存します。セルの余白、または代わりにを GFP タグ付きの位置を指示する利用定期的に、普遍的に表現された GFP 付けられた E-カドヘリン (アドヘレンスジャンクションのラベル) となる蛹上皮、いずれかを含むショウジョウバエ行をマークするにはアクチン結合ドメイン (つまりアクチン細胞骨格のラベル) モエシン傷エッジ収縮アクチン リングとリーディング エッジの突起部分を可視化します。ショウジョウバエの血液細胞を核 RFP (核の追跡) のため、細胞質の GFP または GFP タグ モエシン (細胞質またはアクチン細胞骨格をそれぞれラベル) へのドライブ式血球固有srp Gal425にラベルを付けるか、蛍光蛍光 (楓) などが使用されます。実際には、核の運動と細胞の形態 (代表的な結果を参照してください) の同時分析を有効にする複数の免疫細胞のマーカーを組み合わせて使用に有利は頻繁。ただし、このプロトコルには、ショウジョウバエ蛹の使用が含まれているので遺伝マーカーの組み合わせだけを実行可能なまでです半ば蛹を利用することができます。また、胚性致死株は適切なできません。これはコントロールをイメージングするとき問題になる可能性は低い (または野生型) 蛹が遺伝子をノックダウンする場合を考慮することが重要ですまたは過剰に発現して、傷口の閉鎖や炎症への影響を評価します。Gal80ts遺伝子ノックダウン (または過剰発現)、によって引き起こされる初期の致死の場合構造は開発の後で Gal4 駆動ノックダウンを誘導するために使用され (の議論を参照してください)。
私たちの最近の研究で蛹の段階に移動させてきた順番傷の新しい詳細を推測する私たちを許可している高度な数理モデルを用いた炎症性の動作を分析するのに十分な免疫細胞移動軌跡データを収集炎症性誘引信号23をです。たとえば、このアプローチが明らかに傷の走化性因子は 200 μ m2最低、以前小さな候補分子 ATP などを推奨するよりもずっと遅いレートで炎症を起こしている組織を徐々 に広がり、H2O2と報告されています。26,27,28,29; を拡散します。これらの小さな「被害」分子が代わりに寛容な信号として機能する可能性があります。また、初期傷から解決し、2 番目 (最初の後様々 な縦長で作られた) にさらされている自然免疫系細胞の長期的な動作に従うことによって明らかにして、どの免疫細胞の間に一時的な ‘脱’ 期間それに続く傷害23に盲目です。蛹のモデルでは、ショウジョウバエの遺伝的少ないとの長期的なイメージングの可能性を悪用によって 1 つはの (だけそれらの免疫の細胞傷のサイトに募集) など特定の免疫細胞群の挙動を従うことができます。蛍光蛍光30免疫細胞系列23内で表現することができますを使用して、後続の侮辱への応答。
ここで傷の修復と生活を使用して高の時空間的解像度で関連する炎症性応答のダイナミクスを可視化するプロトコルについて述べるショウジョウバエ蛹。初期の蛹の準備 (郭清および取付)、その後レーザーによる負傷とタイムラプス イメージングに必要な手順をカバーするための詳細な方法論を提供します。特定の免疫細胞サブセット体内のラベリングを許可する写真コンバーチブル fluorophores の使用についても述べる。長期的に、我々 はこの新しいショウジョウバエ蛹モデルが組織の損傷への炎症性応答の基礎となる複雑なシグナル伝達ダイナミクスを解剖するためのエキサイティングな可能性を開くことを思い描いています。高度な統計解析を適用することで RNAi を効率良くできる内のゲノム広いスクリーニングのアプリケーションにそれ自身を貸すしながらそれ以外の場合実験的アクセスできないまま応答値の特徴の覆いを取るかもしれない 1 つ免疫細胞体内の免疫細胞の挙動を制御する新規プレーヤーを識別します。
組織損傷に対する急性の炎症反応は、壊死と感染症との闘いのクリアランスを含む負傷した組織の修復を調整するために必要な複雑な非常にダイナミックなプロセスです。完全に理解し、この応答の基本的な側面を解明、それは実行される生体内で正確な動作のためには 3次元生体試料の研究は、様々 な相互作用細胞系統の続くことに関与する重要正確に時間をかけて。これらの細胞動態のリアルタイム解析では、古典的な免疫組織化学的手法を用いた固定サンプルから静的単一の時間ポイントより突然変異体の表現型のより詳細な特性をことができます。伝統的に、扱いやすい遺伝子ショウジョウバエモデルを用いたライブ イメージング研究のほとんどは光学透明化後発達段階4と比較して不動 fruitfly 開発の初期段階を使用しています。,5ただし、最近では私達のグループと他の人を開発したショウジョウバエ蛹高分解能と同時に傷の修復や炎症の長期的なイメージングを実行する新しいモデルとして生体内で8,22。 ,23。この新たなアプローチは炎症細胞挙動の解明の基礎のためのエキサイティングな長期的な可能性を提供しています、(ショウジョウバエ脂肪細胞など他の細胞系譜の動的挙動を調査にさらに適応することができます。38) 組織の損傷に続きます。
準備およびイメージ投射上記撮像結果の品質を決定する負傷のショウジョウバエ蛹の中にいくつかの重要な要因があります。間違いなく記載されているプロトコルの最も困難なステップは慎重な郭清や負傷とイメージング前蛹の精密位置決め。この発達段階では蛹が非常に壊れやすいと準備段階で蛹にもマイナーな損傷は実験; を大きく低下する可能性このダメージで他の場所での炎症性細胞行動のより広まった (またはも全身) 効果につながる可能性があります独自の炎症性応答を有効にできるので、実験から意図しないダメージをこうむっている可能性があります任意の蛹を破棄しなければなりません。蛹。(これは大人のために組織を準備する重要な組織再編成を受けている) これらの実験で利用した蛹の継続的な発展のため時折蛹に画像の中に移動されます。蛹の圧延は、しかし、蛹マウントされていない正しく翼 (またはイメージを作成する他の組織) のフラットな表面と coverglass; が付いている直接接触の場合に発生する可能性が高いカバーガラスに蛹を安定させるためにヘプタン接着剤の使用は、この望ましくない動きを最小にするべき。細心の注意は、このため、顕微鏡; 間サンプルを移動する場合、慎重に整列位置から蛹を外れを避けるためにも撮影する必要があります。理想的には、負傷のレーザーは、後続のタイムラプス イメージングと光電変換に使用する同じ顕微鏡にアタッチされます。
蛹の郭清と取り付け手順の能力に加えて使用されるショウジョウバエ蛹の正確な遺伝子型は生成された画像データの品質に大きな影響いるだろうたとえば、 Gal4ドライバーと UAS の構造 (例えばUA GFP または UA 楓) 個々 の蛹遺伝子内のコピーの数はその後イメージング中に信号対雑音比を決定します。一般的なルールとしてGal4やUAのより多くのコピーは組織内の蛍光蛋白質 (例えばGFP または楓) の合計レベル現在より大きいを構築します。蛍光タンパク質の最適なレベル、ただし、なります高品質イメージング (低いレーザー力、退色の減少の使用の有効化と拡張時間をかけて画像を許可するのに十分な昇降組織蛍光の注意深いバランス期間) が蛍光体による細胞毒性を引き起こすことがなく各実験で Gal4 と UAS の構造の最適な数は、特定のドライバーと使用されている蛍光物質によって異なります。Gal4 UAS システムは温度に敏感な低温度31で有効になりますので、25 ° C で (または上、29 ° C) 蛹を高めるために注意する必要があります。組織制御の追加レベルまたはGal4 –駆動式の特異性の時間を達成するために Gal4 UAS システム リプレッサー Gal80 で蛹遺伝子型39に含まれてことができます。Gal80 は Gal4 活動 (組織特異 Gal80 を使用して) 特定の組織内または特定の時点を抑制するどちらか使用できます (温度を使用して機密性の高い Gal80)。Gal4 UAS システムは、複数の構成 (例えばfluorophores が付いて、RNAi ラインは、ショウジョウバエを生成する (LexA-lexAopと QF-擬システム) などの他の独立したバイナリ システムとさらに組み合わせることができます。または、その他の遺伝的構成要素) 同時に異なったティッシュ39の範囲で表されます。
この新しいショウジョウバエ蛹モデルの使用より伝統的な胚アプローチ上の利点が提供しています。(3 h) まで短期の画像と比較して段階 15 の胚 (最も研究が負傷した萌芽期の段階、実行されます) で使用可能な蛹 (成人期蛹の発育の 96 時間後までの時間のかなり長い期間にわたってイメージを作成することができます).また、血球 (ショウジョウバエ自然免疫系細胞) のはるかに大きい数字は、蛹の組織内に存在 (とイメージングの利用) はより限られた胚の中に存在する比較してこれは集めることができましたはるか同じ総標本数を用いた血球性状に関するデータをイメージングします。重大に、順番ができました血球挙動を分析・傷誘引物質とされていたであろう実験的炎症反応の新しい特徴を抽出するより高度な数学的モデリングを適用するにはアクセスできない23。蛹のモデルの別の利点は、RNAi による遺伝子ノックダウンは、組織またはバイナリ システム Gal4 UAS システムなどを使用して時間特異的遺伝子不活化の改良分析前胚の段階よりもはるかに効率的39します。 この段階で RNAi の効率は従って大規模な (またはも公平なゲノム) を実行する可能性を開きます RNAi スクリーン創傷または炎症性細胞の挙動に関連する新規のプレイヤーを検索します。
ただし、ショウジョウバエ蛹明確に使用できません研究の表現型の胚は、遺伝子の突然変異に起因する致命的であります。時刻またはティッシュ特定の方法での RNAi による遺伝子ノックダウンが開発して蛹の段階に発生することを許可しない限り、胚で、萌芽期の開発に不可欠な遺伝子の機能とライブ イメージングの研究を実行したがって、まだ必要があります。胎児も勉強する選択肢とライブ画像のモデルのまま免疫細胞行動、その起源から免疫細胞の発達の散布、歩行の接触阻害とアポトーシス死体の貪食能などの特定の機能蛹のモデルでみられていない5,8を彫刻発達の組織の中に生成されます。ショウジョウバエの幼虫と大人の研究は傷の修理や炎症40,41,42,43,機構の重要な洞察を提供しているがこれらの段階で44ライブ イメージング研究サンプルの性質上本質的にモバイル難しいと判明しました。幼虫は、ライブ イメージングの短い期間を許可するように麻酔することができます、間麻酔の一時的な性質のため短いスナップショットのみライブの傷の修復または炎症反応の可視化45をすることができます。最近の研究は今準備およびまだイメージ投射の胚または蛹よりもはるかに困難なまま幼虫の創傷治癒の46, 長期的なイメージングを可能にする改善されたプロトコルを開発しました。長期的に各具体的な質問、これら異なるショウジョウバエのステージ – (それぞれ大人に幼虫と蛹の期間を通じて胚からのすべての 4 つの研究に対処するための最も適切な発達段階を用いたことを思い描いてください。独自のユニークな利点と制限) を – 傷の修復と炎症の分子・細胞メカニズムに相補的な洞察力を提供します。
将来的にこのプロトコルおよびショウジョウバエ蛹の長期的なイメージングの炎症関連現象の範囲を研究するために容易に適応することができ、炎症性傷害応答の暴く小説機能の広範囲に及ぶ可能性があります。生得の免疫細胞現象のダイナミクスを理解するための大きな価値の一緒に蛍光発光する蛍光剤 (楓) などのアプリケーションの長期的なイメージングの組み合わせがあり、特に、ずっとより少なく理解される解決フェーズ傷の炎症性応答。具体的には個人または (それら傷を採用) などの免疫細胞の集団の分類によって (死体、傷害など) 1 つの環境のキューへの暴露が免疫細胞の後にその後の対応をどのように影響するかを分析することが可能であろうキュー。以前の経験によるショウジョウバエの血液細胞の炎症性の動作を変更できます – たとえば、彼らが開発12中にアポトーシス死体の事前貪食によって組織の損傷に対応する先読みが気になります。かどうか他の環境手がかりは、同様のプライミング イベントを誘発します。蛹傷、これまでの研究は、自然免疫炎症反応に焦点を当てている、蛹翅モデルでは、また両方のライブ イメージする理想的な機会を提供します、上皮の傷の修復のメカニズムを解剖します。また、この蛹のイメージング法は、組織損傷38、蛹の翼自体または (目、足胸郭など) その他の簡単にアクセスできる蛹組織への応答の他の細胞系譜の動的挙動を調査に適応することができます。最後に、ショウジョウバエの遺伝の少ない長期蛹画像の使いやすさと組み合わせることで、新規上皮修復または炎症性規制されない可能性があります公平なゲノムワイド ノックダウンのアプリケーションをカバー近づきます。
The authors have nothing to disclose.
マーティン、Nobes、リチャードソン、役に立つ議論のため木製のラボのメンバーに感謝したいと思います。我々 もウォルフソン バイオ イメージング施設 (ブリストル大学、英国)、ブルーミントン在庫センター (インディアナ大学、米国) とウィーンショウジョウバエリソース センター (ショウジョウバエ株式) と (最新ショウジョウバエの Flybase に感謝します。遺伝子アノテーション)。この作業は午後に MRC プロジェクト助成金によって支えられたと大戦 (氏/J002577/1) 大戦に、ウェルカム信頼のシニア親睦と午後に、ウェルカム信頼の奨励賞。
Drosophila stocks | |||
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;Ubi-p63E-shg.GFP; (chrII) |
Kyoto Stock Center, DGRC | #109007 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;;Ubi-p63E-shg.GFP (III) |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #58742 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged Moesin P{sGMCA}3.1 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #59023 | The ubiquitously expressed sqh promoter/enhancer drives expression of a fragment of Moesin (that includes the actin binding sequences) tagged with GFPS65T. |
hemocyte specific serpent-Gal4 driver ;srp-Gal4; |
Generated by Katja Bruckner | Generated by Katja Bruckner | Expression of ScerGAL4 fused to a polyA tail is under the control of 2 genomic sequences from upstream of Drosophila serpent. Ref: Brückner, K., Kockel, L., Duchek, P., Luque, C.M., Rørth, P., Perrimon, N. The PDGF/VEGF receptor controls blood cell survival in Drosophila. Dev Cell. 7 (1), 73–84, doi: 10.1016/j.devcel.2004.06.007 (2004). |
UAS-nuclearRFP w1118;;P{UAS-RedStinger}6 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #8545 or #8547 | UAS regulatory sequences drive expression of the DsRed.T4 form of RFP which is tagged at the C-terminal end with a nuclear localisation signal |
UAS-cytoplasmicGFP ;;P{UAS-GFP.S65T} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | Multiple stocks available (e.g. #1522) | Expression of the S65T version of GFP by UAS regulatory sequences; the S65T variant exhibits increased brightness. |
UAS-photoconvertibleKaede w1118;; P{UAS-Kaede.A}3 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #26161 | Kaede protein emits bright green fluorescence after synthesis, but changes efficiently to a bright stable red fluorescence on irradiation with UV. |
GFP-tagged spaghetti squash w1118;;P{sqh-GFP.RLC} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #57145 | The sqh coding region, which is tagged at the C-terminal end with a T:AvicGFPS65T tag, is expressed under the control of the natural sqh promoter. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Ingredients for fly food media | Fly food media is made according to standard procedures (see Greenspan, R. 1997. Fly Pushing: The Theory and Practice of Drosophila Genetics. Cold Spring Harbor Press. 1-191 pp.) | ||
maize | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
soya flour | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
malt extract | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
molasses | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
Difco agar | BD Biosciences, Fisher Scientific | DF0142-15-2 | For preparation of fly food |
Propionic acid | Sigma | 402907 | For preparation of fly food |
Nipagen | Sigma | 79721 | For preparation of fly food |
Dried baker's yeast | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | For preparation of fly food |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Sample preparation and mounting | |||
Parafilm | Sigma | P7793-1EA | For preparation of heptane glue |
Fine sable paintbrush | Daler-Rowney (or equivalent) | #0 or 1 | |
Forceps | Fisher Scientific (or Fine Science Tools) | NC9404145 | Dumont #5 |
Glass bottomed dishes for imaging | MatTek | P35G-0-10-C | We suggest using 35mm petri dishes, with at least a 10mm Microwell, 0.085-0.13mm cover glass, uncoated. Dishes with larger microwells will enable increasing numbers of pupae to be mounted and imaged in a single experiment. |
Heptane | Sigma | 51730-5ML | For preparation of heptane glue |
Double sided sticky tape (e.g. Scotch) | Agar Scientific | AGG263 | For preparation of heptane glue |
50ml tube (for heptane glue) | Falcon tubes from Fisher Scientific | 14-432-22 | For preparation of heptane glue |
Glass microscope slides | Agar Scientific | AGL4244 | For dissection of Drosophila pupae |
Dissecting stereo microscope with brightfield | Leica (or equivalent) | M50 | For dissection of Drosophila pupae |
Microscissors | John Weiss International | 103123 | Miniature Research Scissors (straight) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Laser ablation and imaging | |||
Nitogen ablation laser | Spectra-Physics (or Andor equivalent) | Model VSL-337ND-S | For wounding, this should be attached to a widefield imaging system |
Multilaser confocal laser-scanning microscope (CLSM) | Leica (or equivalent) | TCS AOBS SP8 or SP5-II attached to a Leica DMi8 inverted epifluorescence microscope (or equivalent) | Ideally including a motorised stage for multi-site and 'mosaic' scanning, plus ‘hybrid’ GaAsP detectors (that offer much greater sensitivity and boosting of low signal) |
Environmental chamber | Life Imaging Services (or equivalent) | "Microscope Temperature Control System" | Attached to Confocal microscope for temperature control during imaging |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Image Analysis Software | |||
FRAP software module | Leica (or equivalent) | CLSM FRAP software module | For performing photoconversion of photoconvertible fluorophores such as Kaede |
ImageJ (image analysis software) | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. |
ImageJ plugin "Manual Tracking" | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.net/Manual_Tracking | |
ImageJ plugin "TrackMate" | ImageJ, NIH | https://imagej.net/TrackMate | Tinevez, JY.; Perry, N. & Schindelin, J. et al. (2016), "TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking.", Methods 115: 80-90, PMID 27713081 |
Volocity (high performance 3D imaging software) | Perkin Elmer | Volocity 6.3 | For image analysis |
IMARIS (image analysis software) | Bitplane | IMARIS for Cell Biologists | For image analysis |