Many proteins perform their function when attached to membrane surfaces. The binding of extrinsic proteins on nanodisc membranes can be indirectly imaged by transmission electron microscopy. We show that the characteristic stacking (rouleau) of nanodiscs induced by the negative stain sodium phosphotungstate is prevented by the binding of extrinsic protein.
Monotopic proteins exert their function when attached to a membrane surface, and such interactions depend on the specific lipid composition and on the availability of enough area to perform the function. Nanodiscs are used to provide a membrane surface of controlled size and lipid content. In the absence of bound extrinsic proteins, sodium phosphotungstate-stained nanodiscs appear as stacks of coins when viewed from the side by transmission electron microscopy (TEM). This protocol is therefore designed to intentionally promote stacking; consequently, the prevention of stacking can be interpreted as the binding of the membrane-binding protein to the nanodisc. In a further step, the TEM images of the protein-nanodisc complexes can be processed with standard single-particle methods to yield low-resolution structures as a basis for higher resolution cryoEM work. Furthermore, the nanodiscs provide samples suitable for either TEM or non-denaturing gel electrophoresis. To illustrate the method, Ca2+-induced binding of 5-lipoxygenase on nanodiscs is presented.
araştırmalarda, çok dikkat lipit etkileşimi, çeşitli yer içsel veya dışsal da zar proteinleri, odaklanmıştır. Lipid etkileşen proteinleri ile çalışma ya deterjanlar gibi lipidler, bir yerine seçilmesi 1 amphipols veya küçük proteinler 2, ya da çözünür ve aktif proteini tutan bir membran yerine bulmak içerir. Lipoik membran yerine lipozomlar ve nanodiscs (ND) 3, 4 içerir.
Nanodiscs doğal kanda meydana gelen, yüksek yoğunluklu lipoprotein (HDL), proteinin bir parçası, Apo-1 mühendisliği tarafından geliştirilen yakın yerli membran platformudur. Apo A-1 kısa amfipatik α-helikslerin 243 kalıntı uzun zincirli ve bir lipit içermeyen çözünebilir bir biçime sahiptir. İn vitro lipid varlığında, protein Apo-1 iki kopya kendiliğinden hydr çevrelemek için yeniden zamanbir lipid iki katmanlı yamanın 5 ophobic asil zincir bölümü. ApoA-1 Engineered Bunlar genellikle membran iskele proteinleri (MSP) olarak adlandırılır ve artan sayıda plazmid ya da arıtılmış, proteinler gibi ticari olarak temin edilebilir. 6 uzun veya daha kısa 7 membran iskele proteinler Apo AI 1 sonuç tekrarlar veya α-sarmal silmeler. Bu da bu mümkün 7 8 mil 17 çapı 6 nm civarında diskleri izin vermektedir. Nanodiscs 3, 9 başvurularının farklı türleri vardır. En yaygın olarak kullanılan uygulama, daha önce 3, 9 yorumlanan bütünsel zar proteini 8 stabilizasyonu için bir yakın yerel membran ortamı sağlamaktır. Daha az keşfedilen kullanımı çalışma için nano ölçekli zar yüzeyi temin etmektirperiferal membran proteinleri 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17. Protokolün Bölüm 1 Aşağıdaki fosfolipidler ve membran iskele protein oluşan nanodiscs yapmak için prosedürü görüntüler.
Numune hazırlama çoğu yöntemleri bir darboğaz olduğunu. Yöntem özgü örnekleri belirli bilgileri eklemek olabilir, ama aynı zamanda sonuçların karşılaştırılması zorlaştırmaktadır. örnekler modelli ve çok sayıda farklı yöntem doğrudan kullanılabilir, bu nedenle, daha basit bir. Nanodiscs kullanımı ile bir avantajı, lipozomlar (örneğin, numuneler, doğrudan bu protokolde olduğu gibi, TEM ve denatüre edici olmayan jel elektroforezi her ikisi için de kullanılabilir) ile karşılaştırıldığında nanodisc küçük boyutudur.
<p class = "jove_content"> veziküller ve lipozomlar, uzun zar etkileşen proteinlerin fonksiyonunun anlaşılması için kullanılmıştır. Yapısal çalışmalar ve görselleştirme için lipozomlar içinde bir transmembran proteini yapısal kararlılığının bir örnek kullanılabilir 18'dir. Ancak, bir lipozom membranı üzerinde yerleştirilmiş monotopic membran proteini herhangi bir yüksek çözünürlüklü 3D yapı bildiğimiz kadarıyla, henüz yayınlanmıştır. Altın nano parçacıklar veya antikorlar TEM 19 kullanılarak lipozomlar veya veziküller bağlayıcı proteinleri görselleştirmek için kullanılabilmektedir. bu problar çok özel olsa da, bunlar membran bağlanma bölgeleri örterek ya da esnek parçalar ile ilgi alanları maskeleyerek-membran birleştirme proteinleri engelleyebilir. Altın etiketli veya antikor-kompleks proteinler muhtemelen jel üzerinde analiz edilebilir, ancak bu deneyde maliyetini arttıracaktır.lipozomlar mükemmel bir platform olmasına rağmen, bir pop emin olamazulation lipozom başına protein belirli bir oranı, nanodiscs 20 kullanımı ile keşfedilebilir bir özelliği vardır. bir lipozom içinde, kofaktör ve alt tabakalar çözünür iç sıkışıp edilebilir. zar-çözünen maddeler membran taklitlerinin her iki tür için aynı kaderi paylaşacak. iki tabakalı alanı nanodiscs daha küçük olduğu Bununla birlikte, maddenin daha az miktarda nanodisc membranlar doyurulması için gereklidir.
atom yapısı belirlenmesi yoluyla anlama protein işlev araştırmanın pek çok alanında için gerekli olmuştur. Protein yapı tayini için yöntemler röntgen 21 arasında; nükleer manyetik rezonans (NMR) 22, 23; ve transmisyon elektron mikroskobu (TEM) sirojenik sıcaklıkta 24 cryoEM. cryoEM tarafından çözünürlüğü son zamanlarda büyük ölçüde kaynaklanmaktadır doğrudan elektron de kullanımına, geliştirilmiş26, 25 dedektörler. Makromoleküller yakın bir yerli devlet ince, vitreus buz 27 görüntülenmiş. 200 kDa – Bununla birlikte, biyolojik moleküllerin düşük kontrast nedeniyle, bunlar 100 boyut aralığında tespit etmek zor olur. Uygun büyüklükte numuneler için, veri toplama yapılan ve tek parçacık yeniden yöntemi, bir yapı 28 elde etmek üzere uygulanabilir.
Ancak, TEM ile protein yapısının belirlenmesi çok aşamalı bir süreçtir. Genellikle negatif leke TEM 29 phosphotungsten (PT) 30 veya uranyum 31 gibi ağır metallerin tuzları kullanarak örnek monodispersiteye değerlendirilmesi ile başlar. Olumsuz lekeli makromolekülün düşük çözünürlüklü bir modeli İmar genellikle yapılır ve moleküler yapı 29 hakkında önemli bilgiler verebilir. Paralel,cryoEM başlayabilir kullanarak veri toplama. eser oluşum yanlış yorumlanmasından kaçınmak için negatif leke TEM verilerini değerlendirirken dikkatli olunmalıdır. Belirli bir artefakt fosfolipidler PT leke etkisi ve yan 33 bakıldığında jeton yığınları benzeyen, uzun çubukların oluşumu ile sonuçlanan, 32 lipozomlar. Bu tür "rouleau" veya "yığınları" (bundan sonra "yığınları" olarak belirtilir) nanodiscs 35 daha sonra da HDL 34 için erken gözlenen ve bulundu.
membranların istif ve yeniden şekillendirme çeşitli nedenlerle oluşabilir. Örneğin, bir amonyum molibdat leke 36 TEM görüntülemede bakır gibi ko-faktörler tarafından indüklenebilir. lipozomlar membran lipitlerinin bir kısmı böylece bakır iyonlarının eklenmesinden sonra lipozomlar istifleme, EDTA metal kompleks oluşturmayı taklit bir iminodiacetic asit kafa grubu içerdiği <sclass = "xref"> 36 kadar. İstifleme da bağlı olarak ya da lipid çift tabakaları bir protein ile, protein-protein etkileşimi olabilir 37 (kullanılmış leke söz konusu değildir). PT tarafından fosfolipidlerin yığın oluşumu erken gözlendi; Ancak, daha sonra çalışma kaldırma veya bu eser oluşumu 38 kaldırılmasına odaklanmıştır.
Burada, TEM ile membrana bağlanma proteinlerinin çalışma için istifleme NAPT'yi kaynaklı nanodisc yararlanmak için bir yöntem önerilmektedir. Kısacası, nanodiscs üzerinde bağlayıcı protein istifleme gelen nanodiscs önleyecektir. Istifleme nedenleri açık değildir rağmen, birbirlerine (Şekil 1A) sopa diskleri neden fosfolipid ve PT fosforil grubu arasında bir elektrostatik etkileşim olduğunu 39 önerilmiştir. Protokolde arkasındaki hipotezi, bir protein, bir nanodisc bağlandığında, fosfolipid yüzeyinde en availa olmadığıdır bağlı proteini ile sterik engelleme, PT ile etkileşim için ble. Bu yığın oluşumunu (Şekil 1B) önleyecektir. İki sonuçlar çıkarılabilir. İlk olarak, istifleme önlenmesi ilgili protein ile membrana bağlı olduğu anlamına gelir. İkinci olarak, protein ND kompleksi kompleks kaba morfoloji elde etmek için standart tek parçacık işleme yöntemleri 24, 40 ile muamele edilebilir. Ayrıca, sigara denaturasyon jel elektroforezi ya da dinamik ışık saçılımı gibi yöntemlerle analiz gerçekleştirilebilir.
Bu hipotezi göstermek için, bir çok iltihaplı hastalık 41, 42 yer almaktadır membran bağlayıcı protein 5-lipoksigenaz (5LO) kullanılmıştır. Bu 78-kDa 'lık proteinin zar 43 bağlamak için kalsiyum iyonu gerektirir. Bu zar dernek çalışılmış olmasına rağmen yoğun lipozomlar kullanılaraks = "xref"> 44, 45, 46 ve membran fraksiyonları 47, bu TEM analizi ve yapı belirlenmesi için kullanılamaz.
nanodiscs hazırlanması deterjan ise sodyum kolat içinde yeniden süspansiyon haline lipid ile MSP karıştırılmasıyla başlar. 1 saat boyunca buz üzerinde kuluçkalamadan sonra, deterjan yavaş bir adsorban reçinesi kullanan bir çözme karışımından çıkarılır. Bu tür malzemenin genellikle küçük boncuk halinde şekillendirilir polistiren yapılır. Bunlar nispeten hidrofobik ve lipidler 48 oranla deterjan bağlanması için güçlü bir tercih var. hidrofobik tanelerden ayrılması ve santrifüj kullanılarak açıklık yaptıktan sonra, nanodiscs boyut dışlama kromatografisi (SEC) ile saflaştırılır. Saflaştırılmış nanodiscs (a titrasyonu için ya da daha fazla oranlarda) eşit molar orandaki bir monotopic membran proteini (ve olası yardımcı faktörler) ile karıştırılır ve r bırakılıreact (15 dakika). TEM ile analiz parlayan taburcu karbon kaplı ızgaralar üzerine numune ul-miktarlarda uygulayarak ve daha sonra NAPT ile negatif boyama yaparak gerçekleştirilir. alikotları TEM ızgaraların uygulandığı zaman, aynı örnek büyük bir değişiklik, denatüre edici olmayan ya da SDS-PAGE jel elektroforezi gibi göre aktivite ölçümleri çeşitli ile analiz için kullanılabilir.
Boş nanodiscs yeniden oluşturulması, protein nanodisc komplekslerinin hazırlanması ve bu komplekslerin TEM için negatif boyama: Yöntem, üç bölüme ayrılabilir. Her bölüm tekniği, kritik adımlar ve kullanışlı değişiklikler sınırlamaları ile ilgili ayrı ayrı ele alınacaktır.
Boş nanodiscs sulandırıldıktan. üretim ve nanodiscs kullanımında kritik adımlar ve sınırlamalar.
Boş nanodiscs hazırlanması için, MSP-to-lipit oranını op…
The authors have nothing to disclose.
Yazarlar, desteklerinden dolayı İsveç Araştırma Konseyi, Stockholm İl Konseyi ve KI fonları teşekkür ederiz. MSP ifadesi ve saflaştırılması Karolinska Institutet / SciLifeLab Protein Bilim Core Tesisleri'nde (http://PSF.ki.se) yapıldı. Yazarlar ayrıca, teknik uzmanlık paylaşımı için ve onların zamanında yardım için Dr. Pasi Purhonen ve Dr Mathilda Sjöberg teşekkür etmek istiyorum.
Transmission electron microscope: JEOL2100F | JEOL | ||
CCD camera | Tiez Video and Imaging Processing System GmbH, Germany | ||
Glow discharger | Baltec | ||
TEM grid: 400 mesh | TAAB | GM016/C | |
Size exclusion chromatography: Agilent SEC-5 | Agilent Technologies | 5190-2526 | |
Superdex 200 HR 10/300 | GE Healthcare Life Sciences | 17-5172-01 | |
Plasmid:MSP1E3D1 | Addgene | 20066 | |
Bacteria: BL21DE3 | NEB | C2527H | |
Bacteria: BL21 (DE3) T1R pRARE2 | Protein Science Facility, KI, Solna | ||
Purification Matrix: ATP agarose | Sigma Aldrich | A2767 | |
Purification Matrix: HisTrap HP-5 ml | GE Healthcare Life Sciences | 17-5247-01 | |
Lipid:POPC | Avanti polar lipids | 850457C | 25 mg/ml in chloroform |
Hydrophobic beads: Bio-Beads, SM-2 Resin | Bio-Rad | 1523920 | |
13 mm syringe filter: 0.2 μm | Pall life sciences | PN 4554T | |
Stain: Sodium phosphotungstate tribasic hydrate | Sigma Aldrich | 31648 | |
2-mercaptoethanol | Sigma Aldrich | M3148-250ML | |
Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) | Bio-Rad | 161-0301 | |
Protease inhibitor cocktail | Sigma Aldrich | 4693132001 | |
TCEP | Sigma Aldrich | 646547 | |
Detergent: Sodium cholate hydrate | Sigma Aldrich | C6445-10G | |
Sodium Cholate | 500 mM Sodium cholate | Resuspend in miliQ water and store at -20°C | |
Lipid Stock | 50 mM POPC, 100 mM sodium cholate, 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM NaCl | Store at 4°C for a week or Store -80°C for a month, after purging the solution with nitrogen |
|
MSP standard buffer | 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mMEDTA | Store at 4°C | |
Non-Denaturaing Electrophoresis Anode Buffer | 50 mM Bis Tris 50 mM Tricine, pH 6.8 | BN2001 | Purchased from Thermofisher Scientific |
Non-Denaturaing Electrophoresis Cathode Buffer | 50 mM Bis Tris 50 mM Tricine, pH 6.8 0.002% Coomassie G-250 | BN2002 | Purchased from Thermofisher Scientific |
Non-Denaturaing Electrophoresis 4X Sample loading Buffer | 50 mM BisTrispH 7.2, 6N HCl, 50 mM NaCl, 10% (w/v) glycerol, 0.001% Ponceau S | BN2003 | Purchased from Thermofisher Scientific |
Denaturaing Electrophoresis Running Buffer | 25 mM Tris-HCl pH 6.8, 200 mM Glycine, 0.1 % (w/v) SDS | Inhouse receipe | |
Denaturaing Electrophoresis 5X Sample loading Buffer | 0.05 % (w/v) Bromophenolblue, 0.2 M Tris-HCl pH 6.8, 20 % (v/v) glycerol, 10% (w/v) SDS,10 mM 2-mercaptoethanol | Inhouse receipe | |
Terrific broth | Tryptone – 12.0g Yeast Extract – 24.0g 100 mL 0.17M KH2PO4 and 0.72M K2HPO4 Glycerol – 4 mL |
Tryptone, yeast extract and glycerol were prepared to 900 ml and autoclaved seperately. KH2PO4 and K2HPO4 were prepared and autoclaved separately. Both were mixed before using the medium |