الزمانية والمكانية تحليل التعبير الجيني لها دور حاسم في علم الجينوم وظيفي. كل جبل تهجين<em> في الموقع</em> هو مفيد لتحديد توطين النصوص داخل أنسجة ومقصورات التحت خلوية. نحن هنا الخطوط العريضة لتهجين<em> في الموقع</em> بروتوكول مع بعض التعديلات لالأنسجة المستهدفة المحددة في البعوض.
البعوض الناقل لمجموعة متنوعة من مسببات الأمراض بما في ذلك arboviruses، طفيليات الأوالي والديدان الخيطية. تحقيق النصوص والمنظمين الجينات التي يتم التعبير عنها في الأنسجة التي المضيف البعوض وتتفاعل العوامل المسببة للأمراض، والأجهزة المعنية في استنساخ ذات أهمية كبيرة لوضع استراتيجيات للحد من ينقله البعوض وانتقال المرض وعرقلة التنمية البيض. وقد تم استخدام عدد من الأدوات اللازمة لدراسة والتحقق من صحة تنظيم الزمنية وأنسجة محددة في التعبير الجيني. هنا، نحن تصف البروتوكولات التي وضعت للحصول على المعلومات المكانية، والتي تعزز فهمنا لل، حيث يتم التعبير عن جينات معينة وتتراكم منتجاتها. وقد تم استخدام بروتوكول للتحقق من صحة وصف التعبير وتحديد أنماط تراكم من النصوص في الأنسجة المتصلة الذي ينقله البعوض ناقل للمرض، مثل الغدد اللعابية للإناث، وكذلك المقصورات التحت خلوية من المبيض والأجنة، والتي أعيدفي وقت متأخر لتكاثر البعوض والتنمية.
الإجراءات التالية تمثل المنهجية الأمثل أن يحسن كفاءة مختلف الخطوات في هذا البروتوكول من دون خسارة للإشارات تهجين هدف محدد. المبادئ التوجيهية لإعداد مسبار الحمض النووي الريبي، وصفت تشريح الأنسجة الرخوة وإجراءات عامة لتثبيت والتهجين في الجزء ألف، في حين ترد تفاصيل الخطوات المحددة لجمع وتثبيت، قبل التهجين والتهجين للأجنة البعوض في الجزء باء.
التهجين في بروتوكول تلطيخ الموقع واللونية المقدمة هنا لأنسجة البعوض كله جبل والأجنة هو تقنية مفيدة لتوطين النصوص داخل أجهزة معينة وأنواع الخلايا. هذه الإجراءات هي تحسنا طرقنا ذكرت سابقا، على حد سواء في تبسيط خطوات غسيل واسعة النطاق وتقديم التفاصيل التقنية ومصادر إضافية الكاشف.
في تجربتنا، والكشف عن الإشارات اللونية تهجين متفوقة في الحساسية وضوح إشارة تهجين مقارنة مع مخططات كشف مضان مقرها. وعلاوة على ذلك كشف اللونية تلتف حول القضايا المرتبطة تمييز إشارة في الأجنة، والتي هي بطبيعتها لصناعة السيارات في فلوري. القيود في الكشف عن إشارات التهجين يحدث، وعندما يتم استهداف منخفضة وفرة النصوص وتلوين الخلفية هو واضح. زيادة درجة الحرارة إلى 65 درجة تهجين تم العثور على C للحد من الخلفإشارات تهجين الأرض، ولكن ليست بديلا المقترحة لتصميم فريد هدف محدد تحقيقات الحمض النووي الريبي.
وقد استخدم هذا البروتوكول لأداء التهجين في الموقع من كل جبل الغدد اللعابية للبعوض الزاعجة، والمبايض والأجنة من أنوفيليس غامبياي، الأنوفيلة stephensi، AE. بعوض الكيولكس والخماسية. هذا الأسلوب ينطبق أيضا على أنسجة أخرى من البعوض، ويفترض من تلك الحشرات الأخرى. بالإضافة إلى ذلك، نحن لتجميع المبادئ التوجيهية للمرة الأولى مقارنة للانطلاق من التطور الجنيني في البعوض الحامل للمرض 3، AE. بعوض، وهي. الغامبية و Cx. fatigans. تم الإبلاغ عن الملاحظات لسلالات معينة من هذه الأنواع الثلاثة، في ظل ظروف تربية حصيف. من المهم أن نلاحظ أن دوام التنموية يمكن أن تختلف عن سلالات مختلفة من أنواع البعوض وتحت ظروف تربية مختلفة. التهجين في الملحق الموقع في الجهود الجارية لاناlyze في transcriptomes من البعوض والمفصليات الأخرى، ويجوز أن يقدم صورة أفضل للتنظيم التعبير الجيني في هذه الكائنات.
The authors have nothing to disclose.
فإن الكتاب أود أن أشكر ماريكا والترز للحصول على المشورة في تهجين النامية في طرق الموقع للأنسجة لينة وGoltsev يوري لمناقشة بروتوكولات لتهجين في الموضع الطبيعي للأجنة أنوفيليس غامبياي، والتي تم تكييفها وتعديلها في وقت لاحق لوضع البروتوكول وصفها هنا لتهجين في الموقع من الزاعجة والأجنة الكيولكس. نعترف أيضا توصيات مفيدة قدمها باري آدم وKosman ديفيد. نشكر أوزفالدو Marinotti للنقاش العلمي وتحرير نص البروتوكول.
Name of the reagent | Company | Catalogue number | Comments (optional) |
0.5 M EDTA | Ambion | AM9261 | |
1M Tris-HCl | Ambion | AM9855G | pH8.0 |
10X PBS | Ambion | AM9625 | |
20X SSC | Ambion | AM9763 | |
1.5 ml microfuge tubes | Ambion | AM12400 | Less opaque than standard tubes; aids in visualizing samples |
Deionized formamide | Ambion | AM9342 | Storage at 4 °C |
DEPC water | Ambion | AM9932 | |
Proteinase K | Ambion | AM2546 | |
5.25% Sodium hypochlorite | Austin’s | A-1 Brand | |
T3 RNA Polymerase-Plus | Ambion | AM2733 | Storage at -20 °C |
T7 RNA Polymerase | Ambion | AM2082 | Storage at -20 °C |
95% Ethanol | Fisher Scientific | AC61511-0040 | |
Fisherbrand disposable polyethylene transfer pipettes | Fisher Scientific | 13-711-7M | |
37% Formaldehyde | Fisher Scientific | F79-500 | |
HPLC-grade methanol | Fisher Scientific | A452-1 | |
Magnesium chloride | Fisher Scientific | M87-500 | |
Microscope cover glass | Fisher Scientific | 12-542A | 18 x18 mm |
N-Heptane | Fisher Scientific | H350-1 | |
P-xylene | Fisher Scientific | O5082-500 | |
Pyrex 9-well Spot Plate | Fisher Scientific | 13-748B | 100×85 mm |
Sodium chloride | Fisher Scientific | AC32730-0025 | |
Sodium hydroxide | Fisher Scientific | SS255-1 | |
Superfrost/Plus microscope slides | Fisher Scientific | 12-550-15 | 25x75x1.0 mm |
Davlyn Red Clear-liner Toupee tape | Hair Direct | RED-75R12 | Poly/Skin base material 0.75 in x 12 yd tape roll |
TOPOTA Cloning Kit for Sequening with One Shot Top10 chemically-competent E. coli | Invitrogen | K457501 K457540 | 20 reactions 40 reactions |
Sonicated salmon sperm DNA | Invitrogen | 15632-011 | Storage at -20 °C |
Anti-digoxigenin-AP Fab fragments | Roche Applied Science | 1093274 | Storage at 4 °C |
DIG RNA labeling mix | Roche Applied Science | 1277073 | Storage at -20 °C |
NBT/BCIP stock solution | Roche Applied Science | 1681451 | Storage at 4 °C |
Western Blocking Reagent | Roche Applied Science | 11921673001 | Storage at 4 °C |
Saatilene Hitech polyester mesh (330.130) | Saati Print | 330.34 UO PW | 330 threads/inch, 34 micron thread diameter, orange color |
Glycerol | Sigma | G6279-1 | 70% in PBT |
Heparin sodium salt | Sigma | H3393 | |
Tween 20 | Sigma | P1379-500 | |
37% Formaldehyde | Ted Pella | 18508 | 10 ml aliquots in amber ampoules |
16 oz. Solo Paper containers with lids | The Paper Company | SOLOKH16AJ8000 | |
Borosilicate glass scintillation vial with unattached screw cap | VWR International | 66022-128 | 20 ml case of 500 |
Sealed Air Bubble wrap celluar cushioning material | VWR International | 500018-081 | 10 foot/roll 0.188 inches thick |
Chicken serum | Whole blood was collected either from the wing vein or by cardiac puncture from a juvenile chicken. Blood was incubated at 37 °C for 1 h until coagulated and then placed on ice for 30 min. The serum was collected and centrifuged at 3000 x g for 10 min. The resulting supernatant (clarified serum) was collected and stored at -20 °C until use. |
Table 4. Table of specific reagents and equipment for hybridization in situ.