As células eucarióticas contêm numerosos compartimentos internos, organelos ligados à membrana, permitindo que funções muito específicas possam ocorrer dentro de microambientes, protegidos ambos do interior e do exterior citoplasmático circundante. Por exemplo, o núcleo requer condições controladas para regulamentação precisa dos genes dentro. Portanto, está cercado por uma membrana dupla, o envelope nuclear, com poros para controlar quais moléculas podem entrar e sair, como mRNAs.Além disso, algumas proteínas requerem um ambiente oxidativo e devem ser isoladas do citosol, que é redutor. Assim, os ribossomas produzem essas proteínas dentro do retículo endoplasmático, onde elas também podem sofrer modificações críticas. Movimentos subsequentes até acontecem dentro de pequenos microcosmos químicos, chamados vesículas, enquanto faz os caminhos para os seus destinos.Outras organelos, como peroxissomas, fornecem proteção de seus próprios subprodutos prejudiciais, como o peróxido de hidrogénio, sequestrando enzimas que convertem compostos tóxicos em moléculas inofensivas, como a água. Da mesma forma, os lisossomas segregam enzimas, mas por um motivo diferente, para proteger reações digestivas que requerem um pH muito mais baixo do que o citoplasma abriga. As mitocôndrias também têm interiores ácidos entre suas duas membranas, que ajudam a produzir energia.No geral, a compartimentalização eucariótica apoia ações que de outra forma seriam incompatíveis se realizadas simultaneamente, sem alguma forma de contenção.