Her beskriver vi en protokol for effektiv kromatin immunoprecipitation (ChIP) efterfulgt af høj overførselshastighed DNA-sekventering (ChIP-seq) af brunt fedtvæv (BAT) isoleret fra en mus. Denne protokol er velegnet til både kortlægning Histon ændringer og undersøge genome-wide lokalisering af ikke-Histon proteiner af interesse in vivo.