多光子イメージングは組織表面からの限られた深さでしか効果がありませんが、pCLEを介して任意の深さで3μm分解能のイメージングを達成することが可能です。ここでは、発作性マウスと野生型マウスの海馬の微小血管動態を測定するためのpCLEイメージングを実施するためのプロトコルを提示します。