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Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions
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Préparation de l’échantillon d’Identification basé sur la spectrométrie de masse des régions de liaison à l’ARN

DOI:
10.3791/56004-v

•

10:52 min

•

September 28, 2017

•

, , , ,
1Epigenetics Institute,University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 2Department of Cell and Developmental Biology,University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 3Department of Biochemistry and Biophysics,University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 4Graduate Group in Biochemistry and Biophysics,University of Pennsylvania Perelman School of Medicine

Capítulos

  • 00:05Título
  • 01:04Crosslink of Protein-RNA Interactions in Live Cells
  • 03:26Isolation of Nuclei
  • 04:27Lysis of Nuclei and Trypsin Digestion
  • 05:51Desalting of Peptides
  • 07:39Removal of Crosslinked RNA
  • 08:44Results: RNA-binding Protein and RNA-binding Region Identification
  • 10:04Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

Les auteurs décrivent un protocole pour identifier des protéines de liaison à l’ARN et de cartographier leurs régions de liaison à l’ARN dans des cellules vivantes psoralen médiée par les UV et spectrométrie de masse.

Tags

Keywords: Sample PreparationMass SpectrometryRNA-binding ProteinsUV Cross-linking4sU LabelingCell FractionationImmunoprecipitationProtein-RNA InteractionsEpigeneticsCell CultureMouse Embryonic Stem Cells

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