Multiphoton microscopy af hele muse organer er mulig ved optisk fjerne organ før billeddannelse, men ikke alle protokoller bevare det fluorescerende signal af fluorescerende proteiner. Brug af et optisk clearing metode med ethanol-baseret dehydrering og benzylalkohol: benzylbenzoat clearing, viser vi i høj opløsning multiphoton billeder af hele musehjerne udtrykker YFP.