全体マウス器官の多光子顕微鏡は、光学的にイメージを作成する前に臓器をクリアすることにより可能ですが、そうでない場合、すべてのプロトコルは、蛍光タンパク質の蛍光信号を保持します。エタノールベースの脱水およびベンジルアルコールを用いて光学クリア方法を使用する場合:安息香酸ベンジルのクリアは、YFPを発現全体のマウスの脳の高解像度多画像を示す。