Summary

Identifizierung von Pflanzenproteinen durch die Bewertung der Eis-Rekristallisation Hemmung und Isolation Mit Ice-Affinitätsreinigung Ice-Bindung

Published: May 05, 2017
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Summary

Dieses Papier beschreibt die Identifizierung von Eis-bindenden Proteinen aus gefriertoleranten Pflanzen durch die Beurteilung von Eis-Umkristallisation hemmende Aktivität und die anschließende Isolierung von nativem IBPs ice-Affinitätsreinigung verwendet wird.

Abstract

Eis-bindende Proteine ​​(IBPs) gehören zu einer Familie von Stress-induzierten Proteine, die durch bestimmte Organismen Temperaturen unter Null ausgesetzt synthetisiert werden. In Pflanzen treten Frostschäden, wenn extrazelluläre Eiskristalle wachsen, was zu dem Bruch von Plasmamembranen und möglichem Zelltod. Adsorption von IBPs Eiskristalle beschränkt weiteres Wachstum durch ein Verfahren, wie Eis-Rekristallisation Hemmung (IRI) bekannt ist, um dadurch eine Zellschädigung zu verringern. IBPs zeigt auch die Fähigkeit, den Gefrierpunkt eine Lösung unter dem Gleichgewichtsschmelzpunkt, eine Eigenschaft bekannt als thermische Hysterese (TH) -Aktivität zu drücken. Diese Schutzeigenschaften haben Interesse an der Identifizierung neuer IBPs erhöhten aufgrund ihrer möglichen Verwendung in industriellen, medizinischen und landwirtschaftlichen Anwendungen. Dieses Papier beschreibt die Identifizierung von Pflanzen IBPs durch 1) die Induktion und Extraktion von IBPs in Pflanzengeweben, 2), um das Screening von Extrakten für IRI-Aktivität, und 3) die Isolierung und purification von IBPs. Im Anschluss an die Induktion der IBPs durch geringe Temperaturbelastung, sind Extrakte für IRI Aktivität getestet einen ‚Splat-Tests‘ verwendet, die die Beobachtung von Eiskristallwachstum erlaubt eine Standard-Lichtmikroskop. Dieser Test erfordert eine niedrige Proteinkonzentration und erzeugt Ergebnisse, die erhalten schnell und einfach interpretiert werden, Eis-Bindungsaktivität ein Einstiegsbild bereitzustellen. IBPs Proteine ​​kann dann isoliert werden, verunreinigt durch die Eigenschaft IBPs Verwendung auf Eis, durch eine Technik, ‚ice-Affinitätsreinigung‘ zu adsorbieren genannt. Mit Zelllysaten aus Pflanzenextrakten gesammelt, kann ein Eis Hemisphäre langsam auf einer Messingsonde angebaut werden. Dies beinhaltet IBPs in die kristalline Struktur des polykristallinen Eis. Erfordern a priori keine biochemische oder strukturelle Kenntnis des IBP ermöglicht dieses Verfahren zur Gewinnung von aktivem Protein. Eis-gereinigter Proteinfraktionen können für Downstream-Anwendungen, einschließlich der Identifizierung von pep verwendet werden,tide Sequenzen durch Massenspektrometrie und die biochemische Analyse der nativen Proteine.

Introduction

Eis-bindenden Proteine (IBPs) sind eine mannigfaltige Familie von Schutzproteinen , die in einer Reihe von Organismen , einschließlich Pflanzen , 1, 2 Insekten, Fischen 3 und 4 Mikroben entdeckt wurden. Das Hauptmerkmal dieser Proteine ​​ist ihre einzigartige Fähigkeit, gezielt und effizient zu Eiskristallen, zu modifizieren ihr Wachstum zu adsorbieren. IBPs haben mehrere dokumentierten Eigenschaften, mit den beiden am besten charakterisierten sind thermische Hysterese (TH) und Eis-Rekristallisation Hemmung (IRI). TH-Aktivität wird leichter in IBPs beobachtet in gefrier intolerant Tieren. Diese Aktivität führt zu einer Absenkung des Gefrierpunktes von Organismen Kreislauf- oder interstitiellen Flüssigkeiten Einfrieren zu verhindern. Im Gegensatz dazu in gefriertoleranten Organismen, die bei Temperaturen unter Null zwangsläufig einfriert, erscheint IBPs niedrig TH-Aktivität zu haben. Trotz der geringen TH-Aktivität, eine hohe Aktivität IRI Eis Schrei zu beschränkenStal Wachstum wird oft mit diesen Proteinen beobachtet. Für die Gefrieren tolerant Organismus, dies vermutlich IRI Aktivität hilft Zellen aus dem unkontrollierten Wachstum von Eis in extrazellulären Kompartimenten zu schützen.

Das „Matratze Schaltfläche“ Modell kann verwendet werden , um den Mechanismus zu beschreiben , durch die IBPs das Wachstum von Eiskristallen zu verhindern 5. Nach diesem Modell adsorbieren IBPs spezifisch an die Oberfläche von Eiskristallen in Intervallen, so dass Wassermoleküle nur mit den wachsenden Eiskristallen Gittern in dem Raum zwischen gebundener IBPs integrieren. Dadurch entsteht eine Krümmung auf, die der Einbau von zusätzlichen Wassermolekülen ungünstig, ein Ereignis macht, die von dem Gibbs-Thomson – Effekt 6 beschrieben werden kann. Die verankerte Clathrat Wasser Hypothese stellt einen Mechanismus für die spezifische Bindung von IBPs zur Eiskristall Oberfläche, wobei die Anwesenheit von geladenen Resten, insbesondere auf der Protein-Bindungsstelle Eis positioniert ist, ergibt die REOrganisation von Wassermolekülen , so passen sie einer oder mehreren Ebenen des Eises Kristallgitter 7.

TH-Aktivität kann durch Messen der Differenz zwischen dem Schmelz- und Gefriertemperaturen eines einzelnen Eiskristall in Gegenwart eines IBP quantifiziert werden. Während TH-Aktivität ein weithin akzeptiertes Verfahren zum Bewerten der Aktivität von IBPs, der niedrigen TH Spalte durch Pflanzen IBPs hergestellt (in der Regel nur einen Bruchteil eines Grades), die normalerweise erfordert eine hohe Proteinkonzentration, spezialisierte Ausrüstung und Erfahrung des Bedieners. Obwohl nicht-IBPs Eiskristallwachstum beschränken kann, ist es eine Eigenschaft von allen IBPs geteilt und damit für IRI Aktivitätstest wird ein effektiver Anfangsbildschirm für die Anwesenheit von IBPs, insbesondere für diejenigen mit geringer TH-Aktivität. Das verwendete Verfahren, diese Aktivität zu testen, wird als ‚Splat-Tests‘ bekannt, wobei eine Proteinprobe schockgefroren wird eine Monoschicht von kleinen Eiskristallen zu erzeugen, die sie über einen Zeitraum beobachtet werden, um zu bestimmen, obEiskristallwachstums eingeschränkt. Im Gegensatz zu anderen Methoden verwendet, um eine Quelle Gewebeprobe auf das Vorhandensein von IBPs zu screenen, diese Technik zu geringen Proteinkonzentrationen im Bereich von 10-100 ng anwendbar ist, nutzt leicht fabrizierten Ausrüstung, und erzeugt Daten, die schnell und einfach interpretiert wird. Jedoch ist es wichtig zu betonen, dass dieser Test eine Anfangsbildschirm für IBPs bereitstellt, die durch die Bestimmung von TH und Eiskristall Formgebung gefolgt werden soll.

Die Isolierung von nativen Proteinen ist eine Herausforderung und erfordert häufig Informationen über die strukturellen und biochemischen Eigenschaften eines Proteins von Interesse. Die Affinität von IBPs für Eis ermöglicht die Isolierung dieser Proteine ​​Eis als Substrat für Reinigungszwecke verwendet wird. Da die Mehrzahl der Moleküle vor der Eis-Wasser-Grenze während des Wachstums von Eiskristallen, langsamem Wachstum einer Eis-Hemisphäre in Gegenwart einer IBP Probe ergibt eine hochgereinigte Probe geschoben, ohne großen quantities von Proteinen und gelöste Stoffe zu kontaminieren. Diese Methode wurde verwendet IBPs von Insekten 8 zu identifizieren, 9, 10, 11 Bakterien, Fisch und Pflanzen 12 13, 14. Zusätzlich können die IBP-angereicherten Fraktionen durch diese Methode erreicht auch für nachgelagerte biochemische Analyse verwendet werden. Dieses Papier beschreibt die Identifizierung von IBPs in Pflanzen durch die Induktion und Extraktion von IBPs, die Analyse von IRI Aktivität die Anwesenheit von Proteinen und die Isolierung von Proteinen unter Verwendung von Eis Affinitätsreinigung zu bestätigen.

Protocol

1. Splat Vorrichtungsaufbau Füllen ein temperaturprogrammierbaren zirkulierendes Wasserbad mit Ethylenglykol (50% v / v in Wasser). HINWEIS: Grün Automobilethylenglykol verwendet werden. Um die Außenkammer zubauen, verwenden isolierten Kunststoffschlauch in das Wasserbad zu einem doppelwandigen Glasschale zu befestigen. Isolieren der Glasschale mit Polystyrolschaum und die Abdeckung mit einer Kunststoff-Petrischale mit Deckel. Geschnitten, um ein 3-4 Zoll-Loch in der Unterseite der Polysty…

Representative Results

Für eine einfache Set-up, Abbildung 1 und Abbildung 2 als visuelle Darstellungen der Ausrüstung für die Analyse IRI und Eis-Affinitätsreinigung bzw. verwendet eingeschlossen. Die Ergebnisse der IRI Analyse Auszüge aus Senf Unkraut mit und ohne IBPs gesammelt verwenden , sind in Abbildung 3 dargestellt. Diese Ergebnisse zeigen, dass Extrakte aus Senf Unkraut gesammelt, die nic…

Discussion

Für die erfolgreiche Analyse und Reinigung von IBPs, ist es wichtig, die temperaturempfindlichen Natur einige dieser Proteine ​​zu verstehen. Bestimmte Pflanzen IBPs instabil bei Temperaturen über 0 ° C, was zu einer Entfaltung, Niederschlags- und Inaktivität. Um aktive IBPs zu erhalten, ist es oft wichtig, dass Pflanzen in einem kalten Raum verarbeitet werden (~ 4 ° C) und die Proben werden auf Eis gehalten, während der Experimente. Ein weiterer zu berücksichtigender Faktor bei der Rohlysate Ganzzell verwend…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Diese Arbeit wurde von einem NSERC (Kanada) Zuschuss VKW finanziert.

Materials

1.5 mL microcentrifugetubes Fisher 05-408-129
Adjustable lab jack Fisher S63080
Benchtop centrifuge Desaga MC2
Brass probe Custom built
Camera/ camera port Canon Canon Power Shot SX110 digitial camera; custom built microscope port
Cheesecloth Purewipe/Fisher Scientific 06-665-25A
Concentration tubes (0.5 mL) EMD Millipore UFC501008
Concentration tubes (15 mL) EMD Millipore UFC900308
Conical tubes (50 mL) Thermo Fisher AM12502
Cooling block VWR 13259 Use a metal heating block
Dehumidifier Whirlpool 50 pint Energy Star dehumidifier; purchase from local supplier
Dessciation beads t.h.e. Dessicant/VWR EM-DX0017-2 6-8 mesh size; 100% indicating
Dissection microscope Olympus Tokyo
Double walled glass bowl Generic Purchase from local lab glassware supplier
Dry ice Generic Use local supplier; hazardous 
EDTA-protease inhibitor tablets Sigma Aldrich 11836170001 Roche cOmplete mini
Ethylene glycol Generic Green automotive ethylene glycol can be purchased from any local hardware store (i.e. Home Depot)
Hexane Sigma Aldrich 296090 Anhydrous, 95%; hazardous
Immersion oil Sigma Aldrich 56822
JA10/20 centrifuge Beckman
Large plastic petri dish Generic
Liquid nitrogen Generic Use local supplier; hazardous 
Magnetic stir plate Hanna Instruments HI190M
Microscope cover slides Fisher 12-542A
Plastic tube Generic Purchase PVC pipe from local hardware store
Polarized film Edmund Optics 43-781
Polystyrene foam Generic Can be constructed from polystyrene shipping boxes
Poreclain mortar and pestle Fisher FB961
PVPP Sigma Aldrich 77627 110 µm particle size
Retort Stand Fisher 12-000
Small stir bar Fisher 14-513-51
Temperature-programmable water bath VWR 13271-118
Vacuum grease Dow Corning/Sigma Aldrich Z273554
Vinyl tubing Generic

Referências

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Bredow, M., Tomalty, H. E., Walker, V. K. Identification of Plant Ice-binding Proteins Through Assessment of Ice-recrystallization Inhibition and Isolation Using Ice-affinity Purification. J. Vis. Exp. (123), e55302, doi:10.3791/55302 (2017).

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