צמחים אינם יכולים לברוח מתוקפים, כגון בעלי חיים אוכלי צמח או פתוגנים. עם זאת, העולם סביבנו ירוק. אילו מנגנוני הגנה פיתחו צמחים כדי להילחם בהתקפות אלה השכבות הקשות של האפידרמיס והגנות מבניות אחרות, כמו שערות וקוצים, מרתיעות חיות אוכלות צמחים המכונות גם אוכלי עשב.כאשר פתוגנים כמו חיידקים, מתגברים על הגנות מבניות, צמחים מפנים קו הגנה אחר. קולטנים הקשורים לקרום מזהים דפוסים מולקולריים המסמנים נוכחות של פתוגן. למשל, צמחים מזהים את החלבון פלגלין, שהוא הספציפי לחיידקים.ההכרה בפגלין מעוררת מפל איתות בתאי צמחים, שמוביל לתגובות חיסוניות מגוונות כמו סגירת פיונית ייצור כימיקלים אנטי-חיידקיים וחיזוק דופן התא. חלק מהפתוגנים פיתחו את היכולת להתגבר על מנגנוני ההגנה הכלליים הללו על ידי הזרקת מולקולות הפעלה אשר פוגעות בתגובה החיסונית. כאמצעי נגד, כמה מינים מהצומח פיתחו חלבוני התנגדות המגלים את מולקולות ההפעלה באופן מאוד ספציפי חלבוני התנגדות מעוררים מפל איתות המביא לעתים קרובות לביטוי של גנים הקשורים לפתוגנזה.איתורם של ההפעלות הפתוגנים או אותות נזק לרקמות עשויים גם לגרום למוות מהיר מתוכנת של תאים, המכונה גם התגובה הרגישות-יתר, בסמוך לאזור הזיהום. התגובה הרגישות יתר מגבילה במהירות את התפשטות הפתוגן על ידי ייזום שינויים מבניים של דופן התא וגורמת התנגדות מערכתית נרכשת. התנגדות מערכתית הנרכשת היא הגנה לטווח הארוך מפני פתוגנים בחלקים מהצמח המרוחקים מאתר ההדבקה התקף אוכלי עשב גורם לעיתים קרובות להגנות צמחיות כימיות המפריעות למערכת העיכול או משפיעות לרעה על עור של כאסטרטגיית הגנה עקיפה, צמחים עשויים לשחרר נדיפים המושכים טפיל שבסופו, של דבר הורג את אוכל צמחים.