במהלך תגובה חיסונית, נוגדנים מסמנים והורסים פתוגנים זרים על-ידי קשירה לחלבונים מסויימים הנקראים אנטיגנים שעל פני שטח הפתוגן. אינטראקציות אלה בין נוגדנים ואנטיגנים הן קריטיות למניעת זיהום תאים אחרים על-ידי הפתוגן, ולסימון הפתוגנים לשם השמדה. כאן, המושג אפיניות מתייחס לחוזק של האינטראקציה בין נוגדן בודד לאפיטופ בודד או לחלק מאנטיגן.למשל, לנוגדן בעל אפיניות גבוהה לאנטיגן מסוים, תהיה אינטראקציה חזקה ויציבה, המונעת התפרקות. לעומת זאת, אינטראקציה בעלת אפיניות נמוכה תתפרק בקלות. דרגות משתנות של אפיניות הנוגדן מאפשרות למערכת החיסון למטב את תגובתה לפתוגן נתון, כגון נגיף ההצטננות.לדוגמה, בפעם הראשונה שמערכת החיסון נתקלת בפתוגן, האפיניות של האינטראקציה בין הנוגדן לאנטיגן היא כנראה נמוכה. למרות זאת, חשיפה חוזרת לאותו האנטיגן תגרום למארח לייצר נוגדנים בעלי אפיניות מוגברת כדי לעורר תגובה חיסונית חזקה ומהירה יותר. נוגדנים מסוימים יכולים להיקשר בו זמנית לאפיטופים אנטיגניים מרובים, משום שהם רב ערכיים.במקרה זה, החוזק הכולל של אינטראקציות אלה מכונה אבידיות. לרוב, יחסי הגומלין בין נוגדנים רב ערכיים ואנטיגנים הם בעלי אבידיות גבוהה ואפיניות נמוכה.